整个游戏过程中你都要交替扮演蜘蛛侠和蜘蛛侠2099,游戏中会使用画中画技术来表现不同时间线里所发生的事件。例如,当你扮演蜘蛛侠的时候,2099可能会说他被一个巨大机器人给牵制住了。那么你作为蜘蛛侠的目标就是在“现在”找到这台机器人的原型,并且毁掉它;于是由于过去而被改变,2099所在的未来也发生了变化,那台机器人已经和刚才不同了。这种“因果效应”的游戏方式据说是《时空边缘》的基础,两位蜘蛛侠在时空中保持了恒定的交流。