第三章：实验室
step1.走到一座教堂前，发现正门和西面的两扇门都早已锁上，而大门右侧的塔内地面却有四个地板机关，这时候瑞贝卡和比利需要分头行动。
让比利在门前留守，然后瑞贝卡进入到塔内，然后踩踏塔内西南角的瓷砖(会听到“咔嚓”一声)，那么此时教堂的大门就会开启。
step2.比利进入到教堂内，去到大殿右侧的小房间内，可以找到打字机进行存档，在门口的书架上可以拿到墨盒和急救喷雾，地板上可以拿到散弹枪子弹和榴弹弹药。
离开小房间回到大殿上，比利会遭遇到巨型蝙蝠，使用散弹枪对准空中，当蝙蝠想要靠近啃咬比利时才开枪，第二阶段蝙蝠会放出小蝙蝠骚扰比利，随意击落几只小蝙蝠以免它们阻止比利抬枪，当大蝙蝠靠近时将其击毙。
step3.这时候就可以用到在第一章一路带过来的钩绳枪，如果忘记在第一章带回钩绳枪，可以回到观星塔内拿取游戏中第二把钩绳枪。
比利走到教堂大门前，此时画面角度会变成俯视，使用钩绳枪可以登上教堂房顶，然后从屋顶的梯子落到小花园内。
接着启动梯子右侧的拉闸，那么旁边的铁门以及电梯就会启动，这时候直接按E键就可以传唤瑞贝卡与比利汇合，然后搭乘铁门附近的电梯前往教堂下方隐藏的实验室。
step4.来到实验室的负二层(B2)，离开电梯面对一条走廊，走廊尽头处可以拿到一份草药(绿)。
尽头的门紧闭，而其左侧的门则是可以进入到一个图书馆内，图书馆门附近的书架上可以拿到急救喷雾，中央放着花瓶的桌上可以拿到“文件——马库斯的日记2”(注：不知为何第三章获取的文件有一部分不会记录在文档当中，玩家需要把第三章的大部分文件都要阅读一遍，因为里面会隐藏很重要的密码信息!)这个图书馆内有一个打字机可以提供存档，在打字机旁可以拿到墨盒，而打字机左侧是一个传送物品的升降机(稍后分头行动需要使用好几次)。
step5.让比利单独一人走到图书馆一侧的死胡同里，这时候镜头又会变成俯视，意味着又需要用到钩绳枪。
比利去到图书馆二层，这里更相似一个实验室，在窟窿附近的电脑椅上放着一份“文件——实验室管理者的日记”。
去到这个小型实验室的拐角，在货架下可以发现汽油，在一些巨型容器附近会遇到水蛭人，这时候可以合成一些燃烧瓶对付它。
接着走到巨型容器与培养罐之间的走廊尽头，发现一台水蛭培养舱，启动它就可以获得水蛭标本。
在小型实验室北面出口旁边可以拿到实验室地图。
step6.从小型实验室的北面离开，这时镜头会变成俯视，但这里不需要使用钩绳枪，而是去点击门旁边的按钮，令到下层的墙体往上升，从而打开下层的道路，这时候有一只水蛭人在下层图书馆游荡。
比利就继续沿着走廊前进，一道写着警告字样的门打开后是进入到缆车控制台，控制室的门是反锁的，需要后期才能打开。
在控制室的门前可以拿到汽油，在控制室一旁可以拿到草药(绿)、墨盒，以及可以发现一台打字机进行存档。
在打字机的左侧会发现一条通道可以落到缆车所在位置，可是要移动旁边的机械装置才能够落下，所以暂时只可以返回到走廊内继续往北面的房间调查。
step7.穿过走廊尽头的门直接就面对一道大扇门，其实西面的区域是一个毒气实验室，里面可以发现散弹枪子弹、显微镜旁可以找到“文件——水蛭成长记录”和一个充满毒气的实验室，里面似乎有道具可以拿去，但是需要清除药剂才能消除里面的毒气。
那么只好继续穿过双扇门，双扇门后方马上就可以发现一个负一层(B1)的物品升降机，这时候比利需要把之前获得的水蛭标本放入物品升降机内送给瑞贝卡。
比利可以继续探索这个房间，房间内有多只丧尸，击毙它们之后在中部的倒塌位置可以拿到急救喷雾，旁边手术台上也有一瓶急救喷雾，手术台地面可以拿到“文件——调查员的报告”。
而最关键就是要调查一下房间内的一道马库斯半身门(绿)，调查过后得知需要使用水蛭标本(绿)才能打开这道门。
step8.这时候比利就没有事可做了，就切换为瑞贝卡，从物品升降机内取得比利刚才送上来的水蛭标本，这时候离开图书馆，并且击退刚才因墙体升起而出现的水蛭人。
在走廊拐角(即警告字样门旁)可以发现一个红色气罐，使用瑞贝卡的个人物品容器收纳里面的红色化学物品，因为在第二章的病房内收纳到绿色化学物品(如果没有在第二章拿到，去到前方也会找到绿色气罐，只是之前拿到就方便一些)，如今两种化学物品共同作用就可以得到剥离剂。
打开属性界面将剥离剂与水蛭标本组合得到水蛭标本(蓝)。
接着别急着走，这时候瑞贝卡的个人物品——容器是空的，再从红色气罐中取出红色化学物品，如果这里忘记拿，第四章第二次击败暴君的上层可以找到第二个红色气罐(注：合成了蓝色水蛭标本之后，建议再提取红色化学物品)。
step9.红色气罐所在的走廊尽头可以发现两份草药(1绿1红)，尽头的门就是一个蓝色的马库斯半身门，使用刚才瑞贝卡合成的水蛭标本(蓝)打开此门。
进入到一个书房内，在门旁边的书柜内可以拿到“输入保险丝”(启动缆车的其中一个道具)，而书柜内还能找到一张马库斯年轻时的照片，并且获得“文件——相册”(因为神秘男子外貌很像马库斯年轻时，所以瑞贝卡猜测神秘男子可能是马库斯的儿子或孙子)。
在书桌上还可以找到墨盒和手枪子弹。
step10.往书房南面的杂物室走去，里面会遇到两只丧尸。
在这里摆放的一樽雕像手中直接就可以拿到水蛭标本(绿)。
火速返回到B2的图书馆，将水蛭标本(绿)放入物品升降机内，送达给比利。
step11.切换为比利返回到两扇门附近在物品升降机内取得水蛭标本(绿)，然后返回刚才带有手术台的房间当中，使用水蛭标本(绿)打开绿色马库斯半身门。
内进后发现这房间像似一个太平间，在房间拐角的架子旁可以拿到一个杀菌剂(用来除去毒气实验室内的毒气)，在旁边的手术台上可以拿到两份手枪子弹。
step12.返回到毒气实验室(step7)，将杀菌剂放入到毒气实验室当中消除毒气，那么就可以内进拿取到饲养室钥匙。
step13.这时候去到B1走廊的一扇之前无法打开的铁门，用饲养室钥匙打开(钥匙随后可以扔了)。
这里会遭受到两只猎杀者的袭击，然后在房间拐角的笼子旁可以拿到“文件——BOW报告”。
最关键是要在房间尽头的桌子底下拿取密码锁旋钮，然后去到双扇门的物品升降机前，将旋钮送到下层给瑞贝卡。
step14.瑞贝卡在图书馆内的物品升降机取得旋钮，然后去到图书馆对出走廊也就是红色气罐旁边的门前，使用旋钮(安装旋钮)。
随后就要输入四位数的密码，一次旋扭输入一个密码，从之前获得的一份文件当中可以得知密码是“4863”。
step15.这时候瑞贝卡就内进到缆车所在的楼层，而玩家可以让比利去到缆车控制台等候，也许两人可以利用缆车逃离。
先去到缆车左手边可以发现一个拉杆，拉动之后移动平台就会往控制台方向移动，当移动平台移开之后，可以在缆车旁拿到输出保险丝(第二个启动缆车的道具)。
step16.这时候比利就可以从上层落下。去到操控室的下方可以发现上层的窟窿，最后一次使用钩绳枪登上操控室内部，然后让比利打开操控室反锁的门。
接着瑞贝卡就可以进入到操控室内，在控制台中放入输出保险丝和输入保险丝，这时候缆车就可以启动了。
落到下层正准备打开缆车的门时，比利被一只猿猴打飞至下层的污水中，这时候瑞贝卡需要面对一只水蛭人，这是强制战斗，使用燃烧弹击退它。
step17.刚才的纷争过程中，缆车忽然失去了动力，回到操控室发现输出保险丝掉在地上了，捡起之后重新再放回。
这时候要去救比利，可是在围栏上观察，比利跌落的楼层非常深，而且在这一侧的区域是无法到达底层的，所以就得往缆车隧道前方前进去找道路往下走。
瑞贝卡就落到缆车所在楼层，搭乘缆车，需要去到车头拉下拉闸，那么缆车就会自动行驶至前方的工厂内，在缆车内的尸体手中可以拿到一把麦格农手枪(一枪必然爆头的神器)。
step18.在缆车月台上可以拿到两份草药(绿)，月台楼梯旁的门暂时无法开启，因为这是后期搭乘工厂电梯至2层时，才可以打开这道门，其实这道门没必要进去，除非是之前漏掉拿任务道具。
沿着楼梯往上层走去，进入到放满罐子的铁皮屋内，左侧的白色门暂时不需要进去，而是留意地图这块地方东面有一个升降机(比较隐蔽)，登上去以后要点击鼠标左键，它才会下降。
step19.接下来是一段赶路，全程都是单一路线而且不需要过多的停留，直至去到监控室内，在监控电视左下方的地面可以找到工厂钥匙，并且打开监控可以看见一只还未成型的暴君实验体。
回程返回至那个小电梯，这时候折返就会遭遇到猎杀者，麦格农一枪就能杀死它们。
step20.返回到放有很多罐子的铁皮屋，这时候就可以进入到左手边白色门内，这里是一个工厂配电室，在挂有头盔的下方可以找到两份草药(1红1绿)，旁边的地道是无法打开的(对于一周目的意义不大)。
在监控器旁可以找到墨盒和打字机，而在黑板上可以拿到工厂的地图，最重要的是在黑板旁边的仪器，将刚才获得的工厂钥匙插入其中，那么工厂内的巨型升降机才会启动。
step21.走出配电室，往刚才的小型升降机方向走去，会发现巨型升降机已经到达这个楼层。
去到升降机的左侧可以找到控制台，令其往下降落。
落到底层之后先往西面的发光点走去，这时候瑞贝卡会遭遇到bravo小队的队长恩里克。
剧情：恩里克命令瑞贝卡跟他一同行动前往保护伞公司的一处洋馆调查(其实这时候恩里克已经查明生物源头就在这座洋馆的地底)，瑞贝卡表明自己希望先找会比利，此时恩里克才知道瑞贝卡之前早就与逃犯比利共同合作，但他并没有阻止瑞贝卡，毕竟在此般恶劣的环境下，比利也没有对瑞贝卡作出过分行为，恩里克选择让瑞贝卡去找比利。
(在瑞贝卡的回忆录中，自从这次偶遇之后，她就再也没有见过恩里克。恩里克的确成功进入到洋馆当中，可是更不幸的是碰上了最著名的“洋馆事件”，在《生化危机1》当时他进行了深入调查，并且发现了S.T.A.R.S内部的间谍，当他想要告诫当时还年轻的克里斯时候，被叛徒所杀)
step23.在与恩里克最后一次对话的位置可以拿到电梯钥匙，然后去到这个场景的东面，在电梯指示灯旁可以插入这条电梯钥匙。
电梯通电后，一只未成形的暴君出现了，使用马格南可以在7发之内解决它，但主要保持距离，否则容易被它推倒。
只有在击倒暴君之后，电梯才能到达这楼层。
搭乘电梯主要只是前往四层，如果在实验室未拿到相应道具(主要是红色化学物)，可以去到二层返回到缆车月台;如果是在第二章养成所内忘记拿到相应道具，可以搭乘电梯落到一层，这时候是返回到第一章结束时火车撞入维修站的地方。
建议可以去一趟二层，在通往月台的走廊上可以拿到麦格纳子弹(对付最终BOSS第一形态时可以派上用场)以及两份草药(1红1绿)。
step24.搭乘电梯前往四层时，神秘男子在监控中目睹这一切，他表示不会再让比利和瑞贝卡继续玩下去。当落到水坝上看见了比利，他被一只水中生物拽到了下层。
