41至最终话
第41话 记忆的海底
胜利条件：1.击坠多美尔号III世或多美尔号III世撤退。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.主角遭击坠。
敌方配置：兹瓦尔肯*12 迪斯托利亚级*6 梅尔托利亚级*6 多美尔号III世*1
敌方增援：艾尔亚布*10 布勒玛格*6 玛达瓦·迪戈*1
SR点数获得条件：4回合内全灭其他敌人，并将多美尔号III世的HP打到15000以下。多美尔号III世的HP降到15000以下就会撤退。
要点：从本关开始进入大和号的主场，之后的每一关都要面对无数的舰船。不过本关还是没什么难度，毕竟主力全在。轻松平铺清场，最后击坠BOSS即可。
第42话 越过昏暗之光
胜利条件：1.击坠瑟林格号II世。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：希德勒*20 波尔梅利亚级*10 迪斯托利亚级*10 梅尔托利亚级*6 凯迪洛尔级*6 瑟林格号II世*1
SR点数获得条件：5回合内全灭其他敌人，最后再击坠瑟林格号II世。
要点：本关就是舰队的海洋，舰船飞机多到爆炸，进入战斗画面后背景也非常密集恐惧症。不过敌人数量虽然多也只是杂鱼的聚合，开局后让移动距离最远的主力冲进人群，凭借反击就可以大量削减敌人的数量。
分歧：发分到大和号（A）/分发到抚子号部队（B）
选择大和号进入A路线，抚子号进入B路线。
第43话A 接触
胜利条件：1.5回合内击坠盖佩隆级兰贝亚。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.刹那遭击坠。 3.进入第6回合。
敌方配置：兹瓦尔肯*12 波尔梅利亚*6 迪斯托利亚级*3 盖佩隆级兰贝亚*1
敌方增援：ELS*16
SR点数获得条件：5回合内，用地图兵器同时击坠4个以上的敌人。
要点：选择A路线为真实系路线，很多作为主力的超级机器人离去会使我方战斗力骤降。本关之前的隐藏关会获取大量的金钱，如果选择本路线的话就要尽量多把强力的高达机5改，缓解战斗力不足的压力。本关的SR要求用地图炮击坠4个以上的敌人，引诱敌人聚在一起后一发ZZ高达的地图炮搞定。
第43话B 紫色的恶意
胜利条件：1.击坠斯塔克4126、史诺比、将军。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.舞人或明人遭击坠。
敌方配置：亚特拉斯MK-II*6 仁王*3 终极音速号8823*3 弗洛玛吉*3 斯塔克4126*1 史诺比*1 将军*1
敌方增援：埃克斯*6 伊普瑟隆*3 空中战舰布兰卡*1 凯德拉*6 迈锡尼神*6 机械兽阿修罗男爵*1
SR点数获得条件：3回合中的任一同回合内击坠斯塔克4126、史诺比、将军。
要点：B路线由于超级系主力全部存在，伤害输出足够。若提前改造过的话SR也相当好拿，1回合走位，2回合清兵，3回合击杀BOSS即可。获得SR后敌方增援在左侧出现，对BOSS机造成伤害后会触发剧情，第二波增援在地图上方出现，BOSS的HP回满并且之后的攻击结算伤害后也会回满HP。想要破除这一BUFF必须对上方的阿修罗男爵造成半血以上的伤害，之后会再次触发剧情，BOSS的状态恢复正常，将其击坠后过关。
第44话A 多美尔幕僚团夹击
胜利条件：1.全灭敌人。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：梅兰卡*8 波尔梅利亚级*4 迪斯托利亚级*2 盖佩隆级修迪路格*1
敌方增援：梅兰卡*8 波尔梅利亚级*4 迪斯托利亚级*2 盖佩隆级巴尔格雷*1 布勒玛格*6 玛达瓦·迪戈*1 玛达瓦*1
SR点数获得条件：第五回合结束前的任一同回合内击坠盖佩隆级修迪路格和盖佩隆级巴尔格雷。
要点：开局后上方只有一波敌人，第二回合我方起始点后方会有夹击，SR获得条件中的两艘舰船到齐。将战力分成两份，一波留守另一波向上进发就好。第三回合原创系敌人增援，同时触发事件，我方全员每回合损失10%的HP，留一个精神“羁绊”全体回血就不会有什么问题。
第44话B 千鸟要的罪孽
胜利条件：1.全灭敌人。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.宗介遭击坠。
敌方配置：侵略者*16
敌方增援：PLAN-1056*2 布勒玛格*10 玛达瓦*1 玛达瓦·迪戈*1
SR点数获得条件：通关前的任一同回合内，任一战舰击坠4个以上的敌人。
要点：SR获得要求在同一回合内用一艘战舰击坠4名敌人，本关能够出击的战舰中推荐使用真龙盖塔完成SR，武装、火力均大于其余两艘战舰。另外，之后还有两拨敌人增援出现在右上方和左侧，需要全灭敌人后才能过关。
第45话A 活在宇宙中的生命
胜利条件：1.击坠盖尔号。 2.击坠海盗高达X2改。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：康古里久*3 天草*4 海盗高达X2改*1 扎古III*3 杜班乌尔夫*2 吉拉·祖鲁*2 罗森·祖鲁*1 波尔梅利亚级*3 迪斯托利亚级*2 盖尔号*1
敌方增援：侵略者*16
SR点数获得条件：通关前的任一回合内，任一战舰舰长击坠4个以上的敌人。
要点：本关需要注意的是要在同一回合内让一个舰船击坠4名敌人，以本路线中战舰的强度来说还是推荐大和号来完成。大和号没有地图炮，需要靠多重行动完成4连击坠，进入关卡之前可以把ExC+5的芯片装给大和号来省去积攒的时间，机体也要帮忙控好血量。敌方BOSS后敌方增援到来，全灭敌人后过关。
第45话B 黑暗使徒
胜利条件：1.击坠帝王号。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.舞人遭击坠。
敌方配置：埃克斯*10 伊普瑟隆*6 帝王号*1
敌方增援：凯德拉*9 迈锡尼神*9 机械兽阿修罗男爵*1 格尔达普拉*1 暗黑大将军*1
SR点数获得条件：4回合内击坠其他所有敌人，最后再击坠帝王号。
要点：本关敌人站位比较密集，若想快速清场建议使用地图武器，魔神ZERO的地图炮是个不错的选择。
第46话 宇宙之狼
胜利条件：1.击坠达洛德、兰贝亚、巴尔格雷、修迪路格。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：兹瓦尔肯*12 迪斯托利亚级*12 盖佩隆级*4 凯尔巴迪斯级*1
敌方增援：兹瓦尔肯*6 侵略者*12 迪斯托利亚级*8 梅尔托利亚级*4 瑟林格级多美尔号III世*1
SR点数获得条件：5回合内全灭其他敌人，并达成胜利条件。此时战舰舰长需击坠达洛德、兰贝亚、巴尔格雷、修迪路格其中两艘（可由同一舰长击坠）。
要点：本关SR要求战舰击坠两艘BOSS舰（可以是不同战舰击坠），需要注意的是大和号在第2回合会无法行动，所以要操纵其他的战舰完成SR，真龙盖塔和抚子号都可以胜任此任务。除了左侧战舰外，敌方的3艘BOSS舰会在上方汇合，移动时尽量让大部队往前走，分出小部队和一艘母舰去击坠左边的敌人。
第47话 开拓未来的力量
胜利条件：1.全灭敌人。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.龙马遭击坠。
敌方配置：侵略者*33
敌方增援：侵略者*8 柯文&史提卡*1
SR点数获得条件：3回合内击坠20个以上的敌人。
要点：很简单的SR，全力攻击就好。获得SR后敌人增援，BOSS血量为106000，盖塔在本关觉醒合体技。若是想要进入if结局的路线，则需要在本关使用一次大和号的波动炮（单体和MAP皆可）。
第48话 连接的意志、传不到的意念
胜利条件：1.击坠大型ELS。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.刹那或总司遭击坠。
敌方配置：希德勒II*12 迪斯托利亚级*6 梅尔托利亚级*6 凯迪洛尔级*3 ELS*24 大型ELS*1
敌方增援：布勒玛格*6 玛达瓦·迪戈*1
SR点数获得条件：5回合内全灭加米拉斯，再击坠大型ELS。期间不能让加米拉斯击坠任何的ELS。
要点：三方混战的关卡，原创势力增援后击坠玛达瓦·迪戈，他们就会集体撤退。SR获得要求“加米拉斯势力不能击坠ELS”这点不用担心，ELS杂兵强度远超加米拉斯，不过要注意击坠加米拉斯的战舰，遇到ELS残血的情况要主动上去补刀。
第49话 落日之星
胜利条件：1.将德斯拉号II世的HP打到20000以下。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：希德勒II*10 波尔梅利亚级*6 迪斯托利亚级*8 梅尔托利亚级*4 德斯拉号II世*1
敌方增援：艾尔亚布*12 布勒玛格*6 玛达瓦*3 司里尼柏瑟*1
SR点数获得条件：3回合内全灭其他敌人，最后再将德斯拉号II世的HP打到20000以下。
要点：敌人离我方很近，快速击杀即可。敌方增援到来后操纵主角机攻击谷瑞触发剧情，主角机的最终武装解锁。
分歧：普通结局（A）/if结局（B）
若满足拥有至少25个ACE驾驶员和在47话中使用过波动炮的条件，49话战斗结束后的对话中会出现选项，选择“战斗结束了”进入普通结局（A路线），选择“之后还会有困难”进入if结局（B路线）。
第50话A 无止尽的战斗
胜利条件：1.击坠德斯拉号II世。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.安琪遭击坠。 3.宗介遭击坠。
敌方配置：波尔梅利亚级*8 迪斯托利亚级*6 梅尔托利亚级*6 德斯拉号II世*1
敌方增援：迪斯托利亚级*4 盖尔号*1 杜班乌尔夫*2 天草*2 Glaive*4 六连*2 夜天光*1 迪比尼达德*3 Behemoth*2 PLAN-1056*2 para-mail*2 Hysterica*1 Hysterica*5
SR点数获得条件：4回合内全灭其他敌人，然后击坠德斯拉号II世，中间不能让德斯拉号II世发射地图兵器德斯拉炮。
要点：先全力清兵，德斯拉号II世地图兵器的攻击范围为3*12，注意一下站位别让3名以上的机体站在其正前方即可。或者不断对他使用精神“乏力”，德斯拉炮的气力需求是130，将它保持在一个较低的水准也能达成条件。获得SR后本关进入第二部分，战斗目标变为击坠Hysterica，与第50话B相同，此处也可以使用速杀法快速通关。第一次击坠Hysterica后触发剧情，5台Hysterica同时增援，战斗目标变为一回合内击杀5台Hysterica。5台Hysterica的均为26000，若之前留过ExC点的话便可轻松击杀。
第50话B 蓝色星球的决战
胜利条件：1.击坠Hysterica。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。 2.宗介遭击坠。
敌方配置：Glaive*12 六连*4 夜天光*1 Behemoth*3 PLAN-1056*2 para-mail*2 Hysterica*1
敌方增援：PLAN-1055*1 Hysterica*1
我方增援：汉莫拉比 拜亚兰特装型 新吉翁号
SR点数获得条件：5回合内通关。
要点：5回合内击坠2次恩布里奥即可获得SR，由于进展到本关时该拿的金钱、点数等资源都已经足够，全灭敌人的意义已经不大，玩家可以尝试速杀BOSS过关。出击选择时让所有带有精神“期待”的角色出击并带上回复SP的芯片，开局操纵已学会精神“觉醒”的主力直奔恩布里奥，开启觉醒+加速赶路，用1到2个觉醒赶到恩布里奥面前，然后开始使用觉醒+热血轰炸，后方要不断的使用“期待”来补充主力的SP。第一次击坠只有38000HP的恩布里奥后触发剧情，他会以10万以上的HP再度复活，我方增援也前来助阵，继续觉醒+热血轰炸，差不多5个左右的觉醒攻势就可以干掉他，2回合内结束战斗。
第51话B 昏暝甚于黑暗者
胜利条件：1.击坠暗黑大将军。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：凯德拉*9 暗黑大将军*1
敌方增援：伊普瑟隆*8 帝王号*4 空中要塞*1 机械兽军团*9 黑暗帝王*1
SR点数获得条件：2回合内全灭凯德拉，再击坠暗黑大将军。
要点：一周目最后的SR，也是毫无难度的一个SR。获得SR后跳奖杯，至此一周目全SR达成。之后敌方增援两个势力的最终BOSS，不用吝啬精神，直接让主力向着其中一个BOSS进发，耗尽所有团队精神以最快速度击杀他，击杀后触发剧情，我方全员SP、气力回满，再用相同方法强杀另一个BOSS即可轻松过关。
第51话A 因果的尽头
胜利条件：1.击坠暗黑大将军。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：凯德拉*9 暗黑大将军*1
敌方增援：伊普瑟隆*8 帝王号*4 空中要塞*1 机械兽军团*9 黑暗帝王*1
我方增援：新吉翁号
SR点数获得条件：2回合内全灭凯德拉，再击坠暗黑大将军。
要点：除了增援的新吉翁号，本关与第51话B完全一致。
最终话A 遥远的故乡
胜利条件：1.击坠霸斯可。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：艾尔亚布*12 布勒玛格*9 玛达瓦*3 霸斯可*1
敌方增援：玛达瓦·迪戈*12 司里尼柏瑟*6
最终BOSS：厄凯狄亚*1
SR点数获得条件：无。
要点：击坠霸斯可后，最终BOSS厄凯狄亚及增援登场，200000HP自带有HP/EN回复且每回合3动，不过比起if结局的25架BOSS架还是要弱很多的。对付此BOSS无需管增援部队，速杀即可。不停地为真盖塔套上“热血”和“觉醒”，BOSS开场会自己挂上“不屈”和“闪避”，将两个精神消耗掉并对BOSS造成一定的伤害后触发剧情，其HP回满但气力下降至105，此时再集中攻击4-5次即可在第一回合完成击坠。速杀法需要用7次左右的热血觉醒攻击，会消耗大量的SP，所以在战斗开始之前要提前准备好SP恢复芯片，并让习得“期待”、“补给”的驾驶员尽数出击。
最终话B 过去与未来的夹缝间
胜利条件：1.击坠德斯拉号II世。
败北条件：1.我方战舰遭击坠。
敌方配置：天草*4 迪比尼达德*3 击坠德斯拉号II世*1 盖尔号*1 波尔梅利亚级*8 迪斯托利亚级*4 梅尔托利亚级*2 德斯拉号II世*1
敌方增援：艾尔亚布*8 布勒玛格*6 玛达瓦*2 霸斯可*1
最终BOSS：厄凯狄亚*25
SR点数获得条件：无。
要点：最终话比之前的关卡都要难，但跟历代机战终章相比还是相当轻松的。本关共有三波敌人，第一波敌人为海盗高达+大和号反派势力混编，击坠德斯拉号II世后第二波敌人原创势力增援，再击坠霸斯可后场上所有敌人退场，最终BOSS厄凯狄亚登场，虽然只有33000HP但总共有25架之多，拥有极高的命中、回避，伤害不俗且自带每回合两动，此外BOSS的王牌奖励为130气力以上时敌方回合开始后自动附带“觉醒”，也就是每回合3动，非常的难缠。
想要降低挑战最终BOSS的难度，需要注意以下几点：
1.出击时除主力外，多让习得精神“期待”、“预见”、“感应”的机体出击，SP回复类芯片装满。最终BOSS回避极高，需要凭借大量的精神修正才能命中，而且攻击到我方机体一般都会秒杀，“预见”也会经常用到。
2.面对前面两波敌人时节省精神。除了之前提到的防御型精神，想要突破BOSS的防御造成伤害也需要使用攻击型精神，如果前期就用的差不多了会打的很难受。
3.尽快集中火力击坠5架敌机。击坠5架敌机后触发剧情，机战V的OP响起，虽然不会让我方全员伤害提升或是SP回满，但BOSS的气力会变为105，减伤技能都无法发动，我方造成伤害变为正常值之后就好打很多了。
4.购买芯片“活力下降系统”。此芯片效果为使用后让全体敌人气力下降10点。BOSS出现时为135气力，降至130气力以下后便无法发动王牌奖励了，全体减少一次再动后能够缓解很多的压力。
全灭敌人后过关，自此一周目通关。本次通关后可以继承100%资金、击坠数、TacP，之后的多周目流程会变得更加简单。准备白金的朋友们则要开始二周目的流程了。
