主线任务：第十一章
回到现实，得知老爸威廉在开罗收集动力源的时候被圣殿骑士抓获，韦迪克要求戴斯蒙拿苹果来换老爸。
来到圣殿骑士的公司，解决掉保安进电梯，从电梯井爬出去沿走廊左走，来到外面走天桥，从窗户爬进走廊。在屋子里遇到枪手克罗斯，没说几句这家伙便发狂跑掉，利用灯架一路追逐，最后将之扑杀。乘电梯到五层找到韦迪克博士的办公室，戴斯蒙用苹果控制保安射杀了韦迪克，然后使保安们纷纷饮弹自尽。
回到神庙沿右边的阶梯上去，沿着橙色水晶的柱子爬到上层，放置最后的动力源。
39、切萨皮克湾海战（Battle of the Chesapeake）
◆用一发舷侧炮击摧毁敌舰×3
◆射击快速帆船火药存放处，将帆船摧毁×2
◆使用反击杀死敌人×5
◆一次通关完成所有条件
英军节节败退，但查尔斯并未受到华盛顿的制裁，现在他躲在纽约的乔治堡里，里面守备森严，康纳需要炮舰轰击城堡来转移守军的注意力，自己好接近查尔斯。
驾驶爱奎拉号前往切萨皮克湾，和格拉斯伯爵的舰队会合。在海上遇到英军舰队，这里用船侧炮击轰毁三艘敌舰，达成次要目标。解决掉这批敌舰，盟军的舰船沉掉一艘。不久海面出现英军的三艘护卫舰，这里可完成射击火药存放处的次要目标，首先用弹幕破开护壳，再用旋轴炮精准射击引爆火药。打完这批，又一艘盟军舰船沉掉，现在只剩下爱奎拉号了。
驶往雷达的绿色区域遇到英军主力舰，强行登舰，混战中完成五次反击刺杀。杀掉船长，康纳引爆了船上的火药桶，逃离主力舰。
此次海战取得空前胜利，高兴的格拉斯伯爵愿意将舰队的指挥权交给康纳，康纳安排五艘战舰换上英国国旗，进到纽约港待命。
40、查尔斯的背水一战（Lee's Last Stand）
◆在3分钟的时间内抵达信号塔
◆在前往信号塔的途中，保持不被察觉
◆生命值损失上限-50%
◆一次通关完成所有条件
康纳来到纽约，穿过地下通道到达乔治堡外，现在他得赶往塔楼点燃信号，让城外的炮舰轰击城堡。前往塔楼的途中要保持潜行，不被任何的守卫察觉，并且有三分钟的时间限制。
在开始将井边的守卫解决掉，离开水井攀到屋顶，遇到守卫右转绕过去，跑过两间屋子再往左走，利用烟囱掩藏身形，等守卫转身跑到末端跳到下面的干草堆里，吹口哨解决掉附近的守卫。
爬上塔楼点燃信号，纽约港的炮舰开始轰击城堡，康纳也被震得耳鸣目眩，步履踉跄。往前遇到海尔森，他不肯透露查尔斯的下落，康纳只好与之交手。凭实力康纳无法取胜，必须巧妙的利用环境伤害来制服父亲。这里要背对木桶或桌子，用格挡反击将海尔森推到桌子或木桶上，反复三次即可打倒他。
两人的信念和立场不同，康纳想起阿基利斯的话，当屏幕出现QTE指令时，果断将海尔森刺杀。
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