主线任务：第六章
回到现实，戴斯蒙要前往曼哈顿下城的一幢大厦里寻找一只动力源。开始由竖梯爬上去，在一路攀爬之后找到一部起重机，利用钢架攀爬到空中吊着的建材，再穿越楼层，一直爬到起重机的顶端。纵身跳落打开降落伞，着陆到天台停机坪上。进入办公室拾取动力源，击倒一名枪手逃出大厦。
回到神庙，得知那名枪手是丹尼尔·克罗斯，曾是圣殿骑士派来的卧底。在神庙里和队员们交流，然后从大殿左边的通道走过去，遇到第一文明朱诺的影像，听她讲述第一文明解决太阳风暴灾难的计划。继续往上层爬，将动力源放到槽里，大殿里打开一道石门。
进到那道石门，听朱诺讲述第一文明的更多计划，利用苹果来控制地球人类的意念，驱逐将至的灾难，不过这个计划最后也流产了，圣殿骑士和刺客世代争夺的神器，不过是他们的废弃之物。
21、约翰逊的足迹（On Johnson's Trail）
◆将恶名值保持在等级2以下
◆枪支使用上限6次
◆使用火药桶摧毁走私的货物×3
◆一次通关完成所有条件
嘎纳多贡赶到庄园报讯，说约翰逊要购买村庄的土地，正与部落联盟的酋长谈判。康纳知道这个约翰逊是圣殿骑士，将战斧砍入木柱宣布与圣殿骑士团开战。
前往波士顿找塞缪尔，在街上遇到强盗行径的收税官，帮助抗税的夏菲尔教训了他们一顿。在酒馆里见到莫里努斯，夏菲尔是这里的厨师，大家一起商量对付约翰逊的办法，得知他最近在走私茶叶，为购买土地筹措资金。
现在要毁掉码头的三堆货物，从水中游过去，躲避零散的守卫靠前放炸药。每堆货物附近都能找到火药桶，用它来摧毁货物完成次要目标。
22、发怒的厨师（The Angry Chef）
◆进入公开冲突的时间限制-15秒
◆夏菲尔的生命值损失上限-33%
◆使出低调状态的暗杀×5
◆一次通关完成所有限制条件
夏菲尔借着丢东西的引由跑到街上挑衅守卫，康纳一路当他的保镖。要达成几项次要目标，需要减少守卫与夏菲尔战斗的时间和机会，摸清他的行走路线后，跑到他的前面解决掉必然触发战斗的敌人，这样才能保证夏菲尔的血量，并在触发战斗15秒内清场。低调状态的暗杀，意思是用袖剑从守卫的背后刺杀，注意角度的话可连续刺杀多名。
抵达广场解锁同盟技能，这里指挥夏菲尔干掉约翰逊的手下。用T键调用同盟菜单，指挥同盟来制造暴动或暗杀目标。
23、倾茶事件（The Tea Party）
◆把茶叶倾倒进水里×10
◆将红衫军士兵丢到水里×3
◆用步枪使出空中暗杀
◆一次通关完成所有条件
塞缪尔策划了袭击码头的行动，打算将两艘商船上的茶叶倾倒海中。任务开始解决掉15名守卫，大家登船倾茶，此时康纳的任务是保护船上列维尔和莫里努斯的安全，在他们挂掉之前要倾倒总计100箱茶叶。
要达成所有的次要目标，在开始有一段空闲，利用这段时间尽快的扔掉10箱茶叶，然后跑到岸边阻击红衫军，将他们扔到水里的方法是，站到岸边背对大海，当士兵进攻时使用格挡反击，将他推进海里。拾取地上的步枪，站到船舷护栏上，等士兵靠近时可使用空中暗杀的动作。康纳将最后的一箱茶叶投进海里，岸边的约翰逊看了无奈离去。
24、鸿门宴（Hostile Negotiations）
◆原住民没有死伤
◆在不被察觉的状态下接近约翰逊
◆使出燕式跳水以逃脱
◆一次通关完成所有条件
康纳本以为约翰逊会知难而退，没想到嘎纳多贡带来了令他失望的消息，约翰逊仍要购买村庄的土地。赶往开拓地，在树林里和嘎纳多贡会合，现在他要抵达河对岸悬崖上的庄园。
任务开始利用树干和树枝往前攀跳，落身到一块岩石上，看到河对岸巡逻着几名守卫，在河面上有几片芦苇丛可以藏身，利用守卫转身的时机游到对岸，往右侧的斜坡跑上去，攀援岩壁上去。
崖顶有名守卫，等他转身攀上去躲到左边的树丛里，再等他回来解决掉他。往左边走过去，不用惊扰坐在崖边的守卫，往前攀爬树枝跳到更高的崖顶，摸到庄园附近。这里的动作要迅速，否则原住民会被杀害。从岩石往前面的树上跳，最后落身到屋顶，对下面的约翰逊施展空中暗杀，然后跑到崖边一跃而下，完成一次燕子式跳跃。
康纳从约翰逊的身上搜得一封书信，得知约翰·皮特凯恩打算夺取反抗军的武器补给。某天庄园有信使来访，是列维尔派来的，康纳对列维尔没有什么好感，本来不想管他的事情，但信使提到了皮特凯恩的名字，康纳毫不犹豫的前往波士顿。
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