大灯塔
隐藏区域地图：无
敌人等级：54-60
隐藏区域可获得的重要物品
配件：缎带（10%）、鲸齿吊坠（5%）、浮雕皮带（5%）、靛蓝（5%）、守护戒指（20%）
魔法招式：攻击破坏（10%）
这里说的并不是100层的大灯塔，而是完成100层大灯塔后，才可以通过天动器前去的大灯塔地下层。
一进入地下层，你就会受到蜂拥而至的亚巴顿和踹踏者的热烈欢迎，使用诱饵战术、及时恢复异常状态是很有必要的。
地下层没有地图，需要在祭坛上放入对应数量的黑珠子后才能让画面明亮一些，4个角落都放满后可以通过天动器前往下一层，共有4层，不过第四层只有某个讨伐时才能进去。
以下是每层各祭坛所需的黑珠子数量，以左上开始顺时针排列。
- 地下1层：9、18、3、6
- 地下2层：9、15、15、18
- 地下3层：21、15、27、12
放置超过所需数量的话，放入的黑珠子会消失。打倒房间里面的敌人会出现黑珠子，也可以不马上捡取，等它飞走后前去找黑珠子的凝块，这样可以获得3倍的量。需要注意，一次最多入手99个黑珠子。
利用凝块可以大量获得黑珠子
这里也是最麻烦的迷宫之一，因为地图无法查看，而且敌人层出不穷，地上还有各种陷阱。
和黑涅魔石矿类似，这里的配件和招式都是有出现几率的，例如缎带只有10%。另外，这里还有机会获得一些不错的配件，例如金色护身符、钻石腕轮、赫米斯靴（永久加速）等，并且可以反复获得。
这里也有缎带
另外，地下层还会出现系列惯例的特别怪物——魔法瓮，需要先对它使用道具万灵药（或者终极万灵药），之后才能造成伤害。记得打死之前从它身上偷万灵药，这样就不愁消耗太快了。
魔法瓮的LP高达123，是刷LP的手段之一，不过一般这时候LP也都满了，这时候就换上配件猫耳风帽赚钱吧！
后期刷钱利器，但对弱模式基本无用
顺便说下，这里还会有可以反复出现的三神器之一的透明单手剑，需装备钻石手环，获得几率万分之二……
水晶巨界
隐藏区域地图：无
敌人等级：59-63
隐藏区域可获得的重要物品
召唤兽：雅尔提玛（聖天使アルテマ）
武器：千分卡尺、低平层状火山、贤者之杖（25%）、柳生之漆黑（25%）、狩神弓、石中剑
防具：桂冠、橡胶紧身衣
配件：守护戒指
魔法招式：大魔防壳、大加速
主线流程中古代都市深处的水晶巨界，因为没有地图和需要开门已经让人很烦躁，但真正的水晶巨界比这个要麻烦几倍几十倍！
获得契约之剑后，可以在前往火之门的转移装置7处打开控制装置，通过转移装置9前往真正的水晶巨界。
这里同样没有地图，但迷宫的范围要大好几倍，里面各种障碍需要跑很远的控制装置来解除，而且是二选一，没有各种网站或手工地图基本没几分钟就晕了，通关n次的笔者每次也得对着官方ULTIMANIA攻略本来前进。
来自日站的迷宫示意图
这里有贵重的大加速和大魔防壳，另外还有最强法杖贤者之杖、石中剑等强力武器，防具和配件方面倒没有什么。
在深处会遇到召唤兽雅尔提玛。
召唤兽小档案
等级63，HP258001，暗弱点圣吸收其余无效
【战斗提示】场地会切换多种异常效果：HP减少、物理攻击封印、魔法攻击封印等，注意适时切换战斗重心。敌方攻击为圣属性，可使用圣属性吸收的装备，但需要注意对方可能造成的逆转效果。
此外，三神器之一的透明盾在这里，需要装备钻石手环，入手几率万分之一。
在水晶巨界的最深处，还有隐藏boss：最终幻想系列中多次出现的OMEGA，这次叫OMEGA mk.XII，需要主线推进到空中要塞巴哈姆特出现，并且接受紧急讨伐“五千万”亚兹马特，这样OMEGA才会醒来战斗。
不满足条件的话是无法和它战斗的
BOSS小档案
等级99，HP 1037069，弱点外吸收
【战斗提示】游戏里面的最强敌人之一，等级是满级99，攻击快而且威力大，还会附带狂战士效果。弱点会变化，因此以无属性武器和魔法为主攻击，并使用攻击破坏降低它的伤害。
打倒omega后会掉落omega的纹章，不要忘记拾取战利品，这是最强武器之一德罗之剑的交易素材。
接下来介绍的是几个主线中不需要进入的迷宫，其中也有不少好东西。
