41-最终话
第41话：突破天际的螺旋
胜利条件：全灭敌人
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 西蒙遭到击坠
3. 击坠圣堂-罗善岩
敌方配置：高等无颜*10，无颜*30
敌方增援：
1. 空中战舰布兰卡，伊普瑟隆*4，埃克斯*8
2. 哈斯卡特莱级*2，巴达级*2
3. 圣堂-罗善岩
SR获得条件：2回合内击坠敌机20架
要点：要获得此关SR需要在我方行动阶段派移动力高的机体将可以攻击到的敌机都打残血，然后在敌方行动阶段时反击击坠，移动力低的就在后方将残血的敌机击坠就行，善用精神和额外行动可以很轻松地得到这个SR。获得SR后紫色王子带着敌方增援出现，但这些敌人都带有特殊能力“洗礼”，因剧情在受到伤害后会恢复HP，也无法击坠。先清理掉第一轮剩下的敌机，在打到紫色王子势力敌机一定次数后，会出现我方增援，使得特殊能力消失，紫色王子会撤退，而红莲螺岩学会新招式。击坠圣堂-罗善岩过关。
第42话：以正义之名
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 击坠邪虎丸
3. 击坠空中战舰布兰卡
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 舞人，小渡中任意一位遭到击坠
3. 舞人，小渡，虎王中任意一位遭到击坠
敌方配置：空中战舰布兰卡，埃克斯*6，伊普瑟隆*4，斯塔克4126，将军机器人，史诺比（比顿），烧麦号（何光禄），烧麦号*3，仁王*3，史诺比*3，终极音速号8823*3
敌方增援：
1. 邪虎丸
2. 埃克斯*4，伊普瑟隆*2
我方增援：邪虎丸（击败后加入）
SR获得条件：4回合内的同一回合，先击坠斯塔克4126，将军机器人，史诺比（比顿），烧麦号（何光禄），之后再同一回合内击坠邪虎丸
要点：泰坦3和轰龙一开始不会出现，在第2回合邪虎丸作为敌方出现。和上关一样，紫色王子一边的机体都有特殊能力，无法对他们造成伤害和击坠，因此在这些机体攻击时不要反击，免得浪费EN和弹药数。要获得此关的SR，就要将战力平均分配给几个Boss，同时也要控好邪虎丸的HP，在同一回合达成条件便可获得。获得SR后，虎王加入我方，泰坦3和轰龙也会出现，敌方的特殊能力消失，但属于之前敌方Boss的敌机会撤退。击坠空中战舰布兰卡便可过关。
路线分支
接下来是游戏第四次的歧剧情，分为
（A） 前往创界山部队，超级系路线
（B） 阻止魔从教团率领异界人侵略：真实系路线
此处选择了B路线。
第43话（B）：各自的决定
胜利条件：
1. 击坠卡巴迦利
2. 击坠昆-曼沙
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 贝尔利遭到击坠
敌方配置：世界树，G-Rach，卡巴迦利，卡多西*10，马克刀*8
敌方增援：
1. 莫兰*6，德莱森*6，基拉-德卡*4，杜班-乌尔夫*2，葵曼沙，盖特拉修
SR获得条件：在3回合内的同一回合中，击坠世界树，G-Rach，并在同一回合内再击坠卡巴迦利，击坠卡巴迦利需使用“粉碎猛击”
要点：获得SR的条件除了回合数及需要额外行动来击坠最后的目标外，其余都和上关类似，需要控好每个Boss的HP，然后在同一个回合内击坠便可达成SR条件。获得SR后格雷米一方增援出现，将葵曼沙的HP降到一半以下后，普露二号会离开葵曼沙，改由格雷米驾驶，机体的HP也会完全恢复，击坠后过关。
第44话（B）：回到那片天空的未来
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 击坠KARKINOS
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 青叶，迪奥，雏，希洛中任意一位遭到击坠
3. 青叶，迪奥，雏中任意一位遭到击坠
4. KARKINOS登场后3回合，到达我方行动阶段
敌方配置：ALSIEL，GWARDIA S，KUGEL*8，GWARDIA*8，NEBIROS*4
敌方增援：
1. 符文-戈雷姆*16，狄恩贝尔*4
2. KARKINOS
我方增援： ALSIEL，NERGAL
SR获得条件：3回合内击坠22架以上的敌机
要点：第2回合魔从教团一方会作为敌方增援出现，敌机数量很多，但要获得SR的回合实际上只有两个回合。需要抓紧一切机会攻击和反击来击坠22架敌机，可以的话地图炮会起到非常大的作用。获得SR后发生剧情，阿尔弗里德和比森加入我方，青叶等人学会3人合体攻击，过关需要在3回合内击坠KARKINOS的机体，派一些移动力高的强力机体往青叶处靠近来协助击坠Boss，而其余的杂兵就交给剩下的机体，能打掉多少就打多少。达成条件后过关。注意KARKINOS有特殊能力，需要“直截攻击”。
第45话（B）：在耀眼的风中
胜利条件：
1. 击坠Gaeon，α-阿基尔，汉摩拉比，杜班-乌尔夫（拉坎），卡巴迦利
2. 击坠拉弗雷西亚
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
敌方配置：Gaeon，α-阿基尔，汉摩拉比，杜班-乌尔夫（拉坎），
杜班-乌尔夫*2，扎古III*4，兹沙*6，德莱森*6
敌方增援：
1. 卡巴迦利
2. 沙贝特*8，拉弗雷西亚，Pyrethroid*20
SR获得条件：4回合内击坠Gaeon，α-阿基尔，汉摩拉比，杜班-乌尔夫（拉坎），卡巴迦利所有人，击坠时需要使用额外行动“粉碎猛击”
要点：获得SR的回合限制很少，实际上能打的时间只有3个回合，因为第1个回合只能用来赶路。需要注意第2回合面具驾驶的卡巴迦利会作为敌方增援出现，SR条件也会加上这部机体。先用攻击力低的机体打掉Boss机附近杂兵的支援防御，再用强力机体配合“魂”或“热血”精神来攻击，在最后一击时加上额外行动“粉碎猛击”来击坠Boss机体，没有ExC点数的话使用则使用“决心”或击坠杂兵机。击坠所有目标Boss后铁甲面和大量敌机出现，而第一轮的杂兵机体会全灭。击坠拉弗雷西亚后过关。此关结束后进入共通路线。
第46话：新生皇帝
胜利条件：全灭敌人
失败条件：我方战舰遭到击坠
敌方配置：空中战舰*24，Hysterica，莫德雷德（玛莉安娜）
敌方增援：无
SR获得条件：4回合内通过关卡
要点：要获得SR的话需要将部队分成左右两边，而且都要配置强力机体，然后往前进攻，在我方阶段集中攻击Boss机体，而在敌方阶段利用反击来击坠空中战舰。莫德雷德有特殊能力，需要额外行动“直截攻击”才能造成大伤害，而Hysterica会行动两次和地图炮，在4回合内全灭敌人即可获得SR和过关。
第47话：继承星星者
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 击坠红色诺亚
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 葛兰蒂丝遭到击坠
敌方配置：空中战舰*19，红色诺亚
敌方增援：符文-戈雷姆*12，狄恩贝尔*3
SR获得条件：5回合内击坠所有其他敌机，再击坠红色诺亚
要点：第2回合魔从教团增援出现，而SR条件也会出现。将大部队分成两队，其中一队往魔从教团的方向清理杂兵，而剩下的这一队负责前方的空中战舰，同时也要削减红色诺亚的HP，红色诺亚有特殊能力以及大范围的地图炮，注意我方HP低下的和闪避低的机体别被击坠，记得使用“直截攻击”。在5回合内全灭杂兵后再击坠红色诺亚可以获得SR及过关。
第48话：黑暗之王与光明勇者
胜利条件：
1. 击坠东-哥罗
2. 击坠暗黑龙与黑暗帝王，另外，两者必须在同一回合内击坠，否则会Game Over。
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 小渡，虎王，甲儿，铁也中任意一位遭到击坠
3. 击坠暗黑龙或多恶达其中之一后，来到下回合。
敌方配置：东哥罗，合体达，喀尔达普拉，高穹U5，鬼火V9，巴琴B9，
霸尔葛斯V5，杰瑟J1，古罗葛司G5，迈锡尼神*12
敌方增援：凯德拉*10，暗黑龙，黑暗帝王
SR获得条件：3回合内，先击坠合体达，勇者喀尔达普拉，在击坠东-哥罗，在击坠东-哥罗前虎王要与东-哥罗战斗一次。
要点：要获得此关SR需要先打倒喀尔达普拉和合体达后，再击坠东哥罗，虎王需要快速地冲向东哥罗并战斗一次，合体达有特殊能力，用“直截攻击”会比较好击坠，在击坠两者的同时，也要对东哥罗造成一定伤害，最后再打倒即可获得SR。获得SR后会再次出现两个Boss，都有大范围的地图炮和行动两次，且需要同时击坠才能过关，但此时已经没有时间限制，大可以清理杂兵后再进行击坠和过关。两个Boss的HP下降到一半后会有剧情，小渡和铁也，甲儿会学会新招式。注意此关是能否进入IF激斗路线的最后机会，派击坠数接近50的机师出战。
路线分支
此关结束时，将会进入普通结局路线（A）达成特定条件后可选择进入进入IF激斗路线（B）
此处进入了普通线。
第49话（A）：艾尔-瓦司的真相
胜利条件：击坠沃斯-狄恩贝尔
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 西蒙，安玛莉中任意一位遭到击坠
敌方配置：高等无颜*8，无颜*24，巴达级*4，哈斯塔克莱级*4,
阿斯坦加级*2
敌方增援：
1. 沃斯-狄恩贝尔，狄恩贝尔*6，符文-戈雷姆（金色）*12
巴达级*2，哈斯塔克莱级*2，阿斯坦加级
SR获得条件：7回合内击坠敌机50架以上，通过关卡。
要点：胜利条件一开始是隐藏的，让我方大部队冲入敌群然后击坠尽可能多的敌机。当击坠一定数量敌机后我方的HP/EN/SP会全部恢复，因此不需要吝惜技能。第2回合赛立克会带着大量敌机出现，胜利条件会变更为击坠沃斯-狄恩贝尔。只要善用我方的地图炮，7回合的时间限制内还是足够全灭敌方所有机体后再完成胜利条件的，注意赛立克会行动两次，并且有地图炮。第3回合会再出现一波增援，但西蒙会和战舰超银河螺旋合体变成超银河红莲螺岩。击坠沃斯-狄恩贝尔后过关并获得SR。
第50话（A）：黑暗之中
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 击坠帝王号
3. 击坠超巨大空中要塞
4. 击坠超巨大空中要塞和魔神Zero
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 西蒙遭到击坠
敌方配置：无颜*14，高等无颜*7
敌方增援：
1. 帝王号（艾格-杰夫）
2. 帝王号*6，超巨大空中要塞
3. 魔神Zero
我方增援：红莲螺岩，泰坦3
SR获得条件：6回合内通过关卡
要点：第2回合艾格-杰夫带着敌方增援在地图北面出现，胜利条件会变更，击坠帝王号后Boss黑暗-诺瓦带着增援出现，如果泰坦3和宇宙大王奇坦出战的话，两者会离开战斗，而黑暗诺瓦的HP降到一定程度后，魔神Zero会出现，而我方红莲螺岩和泰坦3会出现，在6回合内击坠两个Boss后过关和获得SR。由于地图很小，如果队伍足够强力，甚至可以在一回合就达成SR。
第51话（A）：天空里闪耀的，全都是未来
胜利条件：
1. 击坠格兰杰波玛
失败条件：
1. 西蒙遭到击坠
敌方配置：格兰杰波玛
敌方增援：巴达级*12，哈斯塔克莱级*12，阿斯坦加级*6
SR获得条件：3回合内将格兰杰波玛的HP降到99999以下
要点：一开始是天元突破红莲螺岩和格兰杰波玛的单挑，只要有改造过红莲螺岩的话就会很容易获得，首先是一个“勇气”和格斗，反击时再加个“热血”，第2回合再来次“勇气”和格斗即可达成SR条件。第2回合我方大部队出现，敌方也会出现大量增援，全灭敌机后再击坠格兰杰波玛即可过关。
最终话（A）：仅限于此的世界
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 击坠魔兽恩殆
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 安玛莉遭到击坠
敌方配置：狄恩贝尔*4，符文-戈雷姆*24
敌方增援：魔兽恩殆，沃斯-狄恩贝尔*18
SR获得条件：本关无SR
要点：普通结局路线的最后一关没有SR点数。当击坠20架敌机后，最终Boss魔兽恩殆会带着大量的沃斯-狄恩贝尔出现，并将第一轮剩下的敌机消灭。魔兽恩殆会行动3次，在气力130以上时会施加“觉醒”，有大范围的地图炮。将魔兽恩殆的HP降到一定以下后，会发生剧情，我方所有人的HP/EN/SP都会回复，而魔兽恩殆HP会恢复，但能力会被削弱，全力输出吧！
