来到悬吊倾斜板下方，对着“ACE”字样的红墙进行60mm炮的炮击，将红墙轰开，这里就是辅助隧道入口。
蝙蝠侠下车后回到上方的吊机平台操作吊机，将悬吊倾斜板朝向刚才被轰开的辅助通道入口。
驾驶蝙蝠车冲进辅助通道之中。
step16.在辅助隧道会遇到两台坦克车，要在狭窄的通道内小心躲避。
在第一道闸门前，双击空格键将蝙蝠侠从车内弹射越过闸门。
然后选择从左侧或右侧墙上的管道进入到地道内，趁机关炮朝向另一侧闸门时，蝙蝠侠从地板外出进行多重制服，撂倒这里两名守卫，然后靠近机枪塔后方按鼠标右键，就可以将它拆除。
接着操作附近的电箱，将第一个检查点的闸门降下来，那么就可以继续驾驶蝙蝠车前进。
step17.驾车来到第二道闸门，同样是以车载弹射翻过闸门。
门后有一群守卫正在训话，先别理他们在大门旁边找到开关，打开门后驾车用橡胶子弹将这里的守卫都击倒。
step18.再次使用车载弹射翻过最后一堵闸门，先别理会门后的两座炮塔，而是去到旁侧的单独炮塔附近撂倒这里的守卫，然后关闭这座机枪塔。
潜入到地道内将易碎墙体后的守卫给无声撂倒。
接着就尾随其他守卫逐个将他们撂倒。
剧情：然后进入到稻草人所在的实验室内，他表示一切都在其掌握之中，因为他已经挟持住芭芭拉（显然稻草人已经查明先知的真实身份）。
稻草人以此失去家人的凄惨故事来威吓蝙蝠侠，当蝙蝠侠回过神来他已经被稻草人困在这个实验室当中。
这个实验室就是藏有稻草人大量毒剂的地方，而它即将就要爆炸，蝙蝠侠命阿尔弗雷德去找寻芭芭拉的下落，而蝙蝠侠就尽自己的可能去降低爆炸的威力。
step19.首先操作电脑，升起中和剂。
右侧出现四罐中和剂，蝙蝠侠需要缓慢抬起它们（横向移动鼠标），慢步将它们抬到左侧的插槽内，并且缓慢安装它们，如果操作剧烈（过快），那么中和剂表面的警示灯转为红色时就会发生不可挽回的结果，因此全过程一定要慢。
当安装完成第三罐中和剂时，已经火葬的小丑出现在蝙蝠侠面前，并且在其脑门位置开了一枪。
step20.（时间是事件爆发的前些天）玩家此时控制哥顿局长走到韦恩物业的一所建筑物前，触碰铁闸，哥顿就可以凭借着自己的语音被系统识别而打开铁闸。
这里是蝙蝠侠研究小丑病毒的基地，与四名携带小丑病毒的囚禁者对话，接下来蝙蝠侠就会出现。
剧情：蝙蝠侠表示小丑时候，五个人“偶然”之下感染了小丑的血液，这五个人受到影响，他们逐渐变成小丑。这是克雅氏病的变种。
哥顿局长发现其中一名患者亨利·亚当斯并没有任何变化，他是感染时间最久却毫无症状，蝙蝠侠让罗宾去做实验并且寻找原因（这就是蝙蝠侠要求罗宾加紧去执行的任务，因此不允许罗宾与他一同去寻找稻草人）。
另外哥顿还发现明明有五个囚室以及蝙蝠侠说过有五名患者，可是第五个囚室内还没有人，此时蝙蝠侠站在该囚室前，透过玻璃映照出自己的脸庞，这就意味着他就是第五名染病的人（这就能解释为什么小丑会出现在蝙蝠侠的脑海当中）。
哥顿指责蝙蝠侠没有权力禁锢这里的人，蝙蝠侠表示直到找出救治这无人的办法才能够放走他们。
step21.蝙蝠侠醒来后依旧还是看见小丑与之对话。
这时候爆炸威力已经降低了1000%。
切换至蝙蝠车，将实验室的玻璃窗扯开，然后搭乘蝙蝠车逃离并返回到化工厂对出的大桥上。
剧情：蝙蝠侠向自己的管家阿尔弗雷德坦然自己的病情，但他表示不会重蹈自己以前在阿甘疯人院发生过的事。
另外蝙蝠侠希望可以在GCPD外面与哥顿局长见面（通讯期间，蝙蝠侠还出现小丑的幻觉）。
