重新读取通关之后的存档，选择进入エピローグ，则会开始尾声，也就是俗称的真结局。
故事回到明日香和洸准备分开的时候，选择使用“缘之碎片”。原本对面应该路过的小女孩并没有出现，反而洸他们感受到了一股似曾相识的力量。果然，蕾姆此时出现了。蕾姆打开了一道白色的大门后告诉洸——这扇门是由于你们的选择的“因果”而形成的。
栞消失的这个结局，洸可以去亲手改变，只要洸有这个实力与决心。蕾姆自己则会依旧当做一个“观察者”在远处看着大家这最后的“选择”。
下面开始需要玩家去寻找5个“白の键”，地图上都有很明确的位置标识。
3个是在新的探索迷宫里，迷宫也都是老样子换个皮肤，也没有BOSS战就不提了。
剩下2个钥匙其中一个在神社，和巫女对话可以直接获得。 还有一个需要在商店街的荞麦面馆进行支线任务，具体可以查看最后一页的任务攻略。选项依次选择「十年ぶりの杜宮市はどうですか」「親父さんが嫌いで家出を……?」「わだかまりがあるからこそ会うべきだ」。
收集5个钥匙之后就能进去白色大门开始最终的BOSS决战了。不过在那之前玩家需要好好的整理一下装备，而且注意队列，因为前3个人就是参加最终BOSS的人选。不过没有什么属性可以所以选择自己顺手或者强力的角色就好。（洸必须参战。）
除此之外这时各地的商店也都开放了全部的道具，我们可以去收集一些零碎的奖杯比如全书籍，全料理的之类的，具体内容也可以查看后面的相关收集页面。
准备完全之后开始最终决战，来到“万古の神域”后看到了被光包裹着的栞。
同时还有一只“九尾の白兽”，这只九尾兽实际上是类似于“神明”的存在，它一直看着杜宫市发生的一切，从10年前的“震灾”再到如今的“异变”。
它将栞留在了自己的身边当做和自己一同见证历史见证“永劫”的“灵魂”。
洸：“神明，感谢你给我这次机会。栞，这次我一定会再次抓住你的手！”
九尾狐：“既然如此，那就向我展示相应的实力吧！”
真正的最终BOSS战正式打响，不过实际上这个BOSS其实就是当时幕间时候的四尾狐的一个加强版罢了，并没有太独特的地方。
首先半血之前招式和四尾狐差不多，砸地板，挥爪，吃东西回血。 半血之后才是它展现真正实力的时候，首先它的属性会随意转换，四周出现的鬼火不单单是伤害而是会附加各种异常状态，比如影属性撞到之后就会进入黑暗。
接着它的砸地板也会放出散开的冲击波，间隙很小比较难躲开。
最后还会在短暂蓄力之后使出全屏伤害的冲击波，似乎躲在最边缘可以，空中也会被打下来，伤害很高所以时刻注意嗑药。
艰难的消灭BOSS之后就迎来了故事的最终结局——栞回到了现实世界和大家重逢。
洸：“欢迎回来，栞。”
佐伯：“Happy End，果然是个不错的东西啊。”
随后玩家就慢慢欣赏最后的通关ED动画吧，《东京迷城》攻略至此完结。
