现在キャオ和モーラ等人一起担任机械整备师的工作，负担相对当然轻了很多；但是补给问题仍然困扰着大家。没有军方的补给，就连早乙女研究所的储备也用上了……而且这已经是极限……舰长也是很头痛的。大概可以依靠的就只有破岚财团的支援吧……不过万丈君还没有与大家联系啊。谈论着这些令人心烦的事，不知不觉已经到了目的地日本。キャオ和モーラ、ベンケン几人便去整备。
镜头一转，来到Nerv组织总部。使徒像是有感应到什么似的进攻Nerv，已经突破第二防卫网，普通攻击对它完全无效--果然，AT Field的威力。Nerv司令碇ゲンドウ却好像毫不在意般，“这样是没用的。”忽然联邦参谋本部传来通讯（果然是策划好了……明摆着陷害大家么！！），把作战指挥权全部移交给老碇，但是这行动也要保证在温存战力的情况下进行。此时，Nerv负责人员之一ミサト前去把老碇的儿子シンジ接到Nerv，但其实并不是避难一类，而是……来到了Nerv本部的地下空洞内，ミサト正在有点犹豫时，リッコ博士来到。“那个孩子……他是‘适格者’吗？”适格者？ シンジ被带到了一个巨大的机体面前。“这是……巨大的机器人？”“对。人造的究极汎用人型决战兵器，人造人间，エヴァンゲリオン（EVA）。这是初号机。原来这就是自己父亲的工作啊……这时老碇出现，“好久不见了。”……然后立即改口，“……出击。”但零号机正在冻结中，难道要出动初号机！？而且……“没有驾驶员啊！” ミサト说道。“已经有了。”果然是要让シンジ出击！但是并不是那么容易啊！当时绫波为了同步率都训练了整整7个月，更何况是初次……不过现在似乎所有人心里想的都只是击退使徒而已，无论谁或许都没有关系吧。其他人不能驾驶……只有シンジ可以办到。但是难道这就是让自己来到此的目的！？心里明白事情很紧急，但是却办不到……老碇见状便把绫波叫来，“反正她又没死……”绫波虽然受了重伤，但还是要勉强爬起来……更混乱的是此时初号机竟然有了启动迹象……？！看着受伤的绫波，纵然心里乱到极点，但……“不能逃、不能逃、不能逃……”最终シンジ还是乘上了初号机面对使徒；而一乘上初号机，同步率竟超乎想象地大……
原作剪辑EVENT后，战斗开始。
Check point：
这一话的剧情S和R是没有差别的，敌人也是一样，不同之处只在于出场机体（因为S和R能够得到的机体稍有不同）一开始是初号机单独面对第三使徒，对于HP35000的使徒来说，味方战力应该是压倒的不利，更何况シンジ的Lv和使徒差了一大截。但是Player们不用为考虑怎样打倒那个按理说不可能被击倒的使徒而发愁，因为本来就是规定必输的。要做的只是尽量多多赚取一些EXP（利用必闪）而已。在F里AT Field的规定和ALPHA里略有不同，如果有ATF的双方作近身格斗的话，双方都不会显出ATF的防御效果，要多加注意这一点。等到SP用完也就可以等死了……初号机被击倒后，会再次启动，然后……“这是……暴走……”“赢了。”果然……暴走初号机能力BT，使徒只有0%命中……反还一下被咬了10000多HP………………之后使徒撤退，真正的战斗现在才开始。随后大家在左上出现，敌人也和上一话一样分两边增援。有几个地方需要注意：首先这话的地形是市街，有很多高层楼房，这种地形不能飞空的机体是无法到达的，所以就相当于有些路段被隔断，要先看好地形再前进，以免走弯路……再有，消灭敌人时要看好数量，因为敌人总数在6台以下的话，ギャブレー就会率部队全军撤退。最好的办法是留下6个敌人（包括 ギャブレー），之后击坠他就可以过版。因为没有MAP，想全灭敌人仍是不可能的。不过照样，其机体アシュラテンプル是强敌，再加上地形限制，味方无法自由进行周旋，在无意中增加了难度，更何况其威力不输之前！当然最应该小心的是不要被MAP打到啊……
初号机撤离战场后，大家也刚好来到。奇怪的是似乎这是预料之中似的，“果然来了，联邦军独立队伍ロンド=ベル……他们请求通信……怎么办？”老碇便与大家通信了，但这并不意味着他愿意合作，舰长询问他关于使徒的事，他却说击退使徒只是Nerv的工作，与大家没有关系云云；舰长还想沟通一下，那家伙却切断了通信。而追击大家的ポセィダル军也在此时来搅局……无奈，大家只有在Nerv的袖手旁观之下开战。
战斗结束后，经检查シンジ并没事，只是意识一时间还没有恢复。本来舰长提出协助Nerv，却被那拽到极点的老碇拒绝--他其实是完全不愿把使徒的任何情报透露给大家罢了。说服无论如何也失败，没办法了……而在大家要离开Nerv时，在附近发现了一个受伤的民间人，处于责任大家让她来到舰上休息治伤，殊不知这个女孩就是策划“潜入”一计谋的ポセィダル军13人众之一レッシィ……“这么容易就潜入了……”毫不知情的大家又该怎么办呢？……与此同时，リリーナ来到学校发现ヒィロ又转学了！快得令人感到讶异……“ヒィロ……你究竟……”虽然不久之会再见面，但现在却不知情呢……
--SAVE DATA--
过关改造建议：
………………最好……把所有资金投入在マジンガー Z上……HP、EN、装甲……常用武器也要改！因为这是没办法的事，如果真的不愿在这里花钱的话下一话可是会死得很惨的！！！所以……出点血吧……还要作好精神准备啊！下一话……一点都不轻松……
