第十二章 京，炎上
前往近藤所在地
→与佐佐木对战
→与原田左之助对战
→来到止园见到近藤
→在御所前与冈田以藏对战
赶回的二人发现此时京都已是一片火海，询问得知是新选组所谓，二人决定去向近藤勇问个究竟。
路上会接连遇到佐佐木和原田左之助，和之前一样多多用必杀技吧，他们的血都很多，而且一条血后变红攻击力惊人。
解决了二人之后见到近藤，不想近藤已被谋害，近藤坦言整个新选组只是另一个龙马计划的牺牲品，利用新选组制造混乱，而他们真正的目的则是御所的皇帝，临死之前，近藤将自己最后的计策交给龙马，嘱托他交给土方岁三，同时也将整个日本的未来，交到了这个人手上。
之后去御所，在门前遇到以藏
VS：冈田以藏
这次他只是血多了点，攻击力并不强，用之前的方法完全可以慢慢耗死他。
落败的以藏临死前嘱托龙马一定要阻止武市。
“兄弟，你想要的天空，究竟倒映着何种颜色的晚霞?”
第二天，龙马想辞去新选组的身份，被土方制止，在之后的新选组会议上，土方建议由龙马担任新的新选组局长，此举果然让伊东一行人狗急跳墙，但土方早有防范，但万万没想到的是伊东等人已笼络了大量的新选组队士出去自立门户，此时的新选组，已名存实亡。
