哈利于是来到图书室，用钥匙打开门后进去。里面书架上零散着少量的书，似乎没什么有意义的书。来到图书室里屋，桌上有一本翻开的书，哈利翻看着内容：
听到这件事，猎人背起弓箭说道：“我会杀了那只蜥蜴的。”但正面与他的敌手对立之时，他退后并讪笑着：“谁会害怕这一只小爬虫。”于此，怒气腾腾的蜥蜴发出嘶声道：“我一口就能把你吞了！”说时迟那时快，这庞然大物张大嘴巴一口咬来。正中下怀地，猎人仔细瞄准把箭射入蜥蜴的血盆大口里。轻而易举地，箭飞刺入了它脆弱的喉咙，蜥蜴随即倒地便死。
走出图书室，哈利发现北侧全都被封住，连教室都上了锁。哈利在仔细地检查整个学校，来到了三楼。打开门上到了天台，四处寻视，突然见到一角有血迹，调查一旁的排水孔。最末处的那个排水孔内有一把钥匙，但却够不着。哈利认为可以用水把钥匙冲下去，于是打开旁边的水泵阀门，可水却都从前面的那个排水孔中流了出去。哈利想到刚才曾找到过一个橡皮球，于是把橡皮球拿出来把前面那个排水孔堵住。这次水就成功流到排水孔内了，水把钥匙冲到一楼的排水沟旁。哈利下到一楼，来到庭院排水沟旁找到了钥匙，发现这是一把教室的钥匙。
哈利用钥匙打开二楼北侧教室的门，搜查了一遍仍然一无所获。哈利于是来到地下锅炉室，在这里发现一个栅栏装置，左右各有一个转盘，调节转盘，让栅栏中间部分打开就可以过去（参见谜题解答中的“恶梦中学校锅炉室”）。把栅栏打开过去后，突然整个地面如电梯般缓缓陷入地底。
到达地底后是一个圆阵中间有火焰燃烧着，突然有一只庞然大物出来攻击哈利。有别于之前遇到的妖物，这个妖怪显然强多了，似乎不怕攻击，最后拖久了居然要将哈利一口吞掉。正当哈利没有退路时，他突然想到童话故事的内容。哈利于是背水一战，朝正向自己咬来的大嘴奋力地开枪。一瞬间，妖怪发出了悲鸣，空气中彷佛又传来阵阵的警报声。
注：开枪的时机要看准，必须趁着怪物刚张大嘴时开枪，这样才会一击毙命（否则只能等着被咬死）。
画面出现一个蓝衣女孩靠在学校锅炉上，一会女孩起身离开了锅炉房……
哈利这时发现自己在学校的锅炉室，身旁的锅炉已经停止运转。哈利瞥到锅炉旁有什么东西闪光，捡起来一看，是一把钥匙，上面的文字显示这是K.高登（K.Gorden）家的钥匙。
哈利回到一楼，发现天已经亮了，这时突然传来一阵钟声。哈利拿出地图一看，只有布洛克（Bloch）街上有教堂，就决定前去看看。这时学校内各个房间的门都无法打开，在大厅左侧的接待室发现原来这里写有血字的书都不见了，在那份教师名单上找到了K.高登和他的住址。
哈利离开学校前往教堂，令人费解的是通往教堂的所有道路都无法通行。这时哈利想到了高登家的位置，决定到那里去碰碰运气。于是顺着地图上地址来到高登住址的后门前，用身上的钥匙打开后门，从前门出去。幸运的是，从高登家前门可以自李文街转布莱德巴利（Bradbury）街经小巷上布洛克街。
哈利进入教堂，看到一个老妇人站在祭坛前，等哈利到了教堂，老妇人回过头来。哈利向她说明来意，老妇人告诉哈利她对一切了如指掌，给哈利留下了神秘金字塔，并提示哈利到医院去。说完便起身从教堂侧室出去，哈利追上去却发现门被反锁，只好带上她留下的神秘金字塔和旁边的一把钥匙后走出教堂。
哈利发现这是一把活动桥的钥匙，查了下地图发现布洛克街东侧有一间桥梁控制室。于是来到桥梁控制室，上了二楼来到桥梁的控制台所在的房间，用钥匙启动控制器后扳动操纵杆把桥放了下来。这样就可以去寂静岭的商业区了，离开控制室前别忘了拿寂静岭商业区的地图。
在去医院之前，可以先到警察局去看看。这里可以获取一些剧情信息，但不是必要情节，是否去过警局不会影响游戏结局，如果只是通关可以略过这段情节。警局的最大好处就是可找到很多弹药，这样以后就不缺子弹打了。
调查完警局后，哈利直奔向医院。来到医院的院子里，躲开两条看门的狗后快速打开医院大门奔进去。正要往里走，突然听到一声枪响，哈利顺着声音走到出现枪响的房间，打开门进去，发现一个西装笔挺的男人跌坐在椅子上，地上有只妖怪倒在血泊中。交谈中得知这个男的叫迈克尔·卡夫曼，是这个医院的医生，他醒来后医院就变成这样了。
卡夫曼走后哈利继续在医院寻找雪莉的踪迹。先到柜台把医院的平面图取走，根据地图挨个房间调查。在医师办公室发现医院地下室的地图，在隔壁会议室的桌上发现医院地下室的钥匙。
在医院董事办公室发现被故意摔碎在地面上的一瓶红色药水，是否把药水收集起来关系到后面的剧情和结局（请参见“拯救希波”）。
哈利再往隔壁的门去，发现门上锁了。到电梯门前准备用电梯时，却发现没有电源。再试通往楼梯间的门也都卡死了。回到刚才锁上的门，用在会议室找到的钥匙一试，门打开了，走进去一看，是通往地下室的楼梯。到了地下室的发电机室，走到了发电机旁，有几行字：“内部发电机只对电梯、加护病房和手术室供电。”
哈利于是打开发电机，然后到电梯旁试了一下，可以运转了。哈利乘电梯上了二楼，发现门是卡死的，再上了三楼发现也是如此。哈利正准备回一楼时，突然发现电梯有四楼的按钮，于是按下了四楼的按钮……
画面切换到，蓝衣女孩正走进古董店的身影……
一到四楼，哈利发现这地方跟之前在恶梦中见到的学校很像。哈利打开门往四楼的廊下前进，突然在短短的几秒内，天色又完全变暗了……四楼房间的门竟然全都开不开，于是从尽头的楼梯下到三楼。三楼的环境也变得跟刚才四楼一样了。这时哈利发现一个护士背对着自己，但走进一看却发现这个“护士”的背上好像有肉瘤附着，便意识到这些护士也都是怪物，这时“护士”突然转身朝哈利扑过来……
哈利在三楼挨个房间的搜查。在男厕发现一块蓝色方砖（龟），在301室发现一具空鸟笼。在302室发现一台旧电视机，在304室发现墙上有一个用螺丝固定在墙上的铁盘。
西侧调查完毕，哈利到东侧调查，在储物室发现一包血袋。在306室发现一块黄色方砖（猫）。
三楼没有发现任何有关雪莉的线索。哈利于是坐电梯下楼，下到二楼发现门被锁上了，于是继续下到一楼，迎面突然窜出几个医生怪……这里的格局和原来的医院很像，于是先从地下室的楼梯来到地下室，在配电室可以找到长柄榔头，储藏室的门正锁上无法进去，其他没有什么重大发现。回到一楼，在董事办公室发现红色方砖（皇后），来到药剂室，发现通往诊查室的门是锁上的，但门里有动静！
顺着楼梯，哈利来到了二楼。在201室发现打火机；在204室的墙上发现绿色方砖（帽商），可旁边有个吸血怪没法靠近去拿，这时哈利想起血袋于是就把血洒到吸血怪跟前，吸血怪的触手马上凑到血上，这样就可以取下方砖了。在西侧走廊尽头发现一块白石板，连接东西侧的门是锁上的，门旁有一块写着名字的石板（暂时先不用理会这个）。
现在哈利尝试通过二楼护士站到达二楼东侧，却发现通向东侧的门是锁住的，门上有四个方形凹槽，门旁的一张纸上写着一首诗（英文原文）：
Cloudsflowingoverahill.
Skyonasunnyday.
Tangerinesthatarebitter.
Luckyfour-leaf-clover.
Violetsinthegarden.
Dandelionsalongapath.
Unavoidablesleepingtime.
Liquidflowingfromaslashedwrist.
哈利发现这些凹槽的大小正好放得下刚才捡到的那些方砖，而这首诗似乎有所提示（参见谜题解答中的“恶梦中医院的护士站”）。于是按照诗所提示的顺序把方砖放到凹槽内，门果然打开了。
哈利继续在二楼东侧调查，在手术室的手术台上发现地下储藏室的钥匙。在加护病房可以拿走一瓶酒精。
注：调查完三楼后建议马上到地下配电室拿长柄榔头，再继续后面的流程。用长柄榔头对付医院的护士怪和医生怪将变得非常轻松，如果用枪对付它们会非常费子弹的。
