返回Bugenhagen在CosmoCanyon的实验室，在召集所有同伴并加以讨论后大家决定重返AncientCity寻找线索。
但在那之前Cloud提出应该把HugeMateria先藏起来，于是Bugenhagen和Cloud一起把HugeMateria放在了观测室。另外，如果你目前为止有三颗HugeMateria那么在离开以前不要忘记分别调查它们(接近HugeMateria后选"getcloser")。可以能到"BahamutZERO"召唤魔石。
安置好HugeMateria后大家直接返回飞空艇向位于北方大陆的AncientCity驶去。
在AncientCity的三叉路口选择向左走，到达大厅时Bugenhagen似乎发现了什么...
经过Bugenhagen的解释，了解了有关WhiteMateria和Holy的事。你现在需要找到一把钥匙，一把拯救Planet的钥匙。而唯一的线索竟是"甚至阳光都无法照到的地方"...
返回Junon旁的港口，这次要乘潜艇到海底世界探索咯。
下潜到海底向南行驶，直到看见上次被击沉的红色潜艇。接近红色潜艇时系统会提示得到HugeMateria。这样一来最后一颗HugeMateria也入手了。
注意
此水域附近会有一只巨型怪物—"EmeraldWeapon"作为美版(PS/PC)，国际版隐藏BOSS之一的EmeraldWeapon具有流程中所有BOSS不可比拟的实力，如果你现在没有信心战胜它的话就一定要避开它。
沿着西岸向北航行，当在西岸看见一条海底通道时从中穿过去会发现一架沉没于海底的飞机，调查后可有支线情节。因为此部分并不属于主线并可以跳过，所以不再过多叙述。
从通道中出来继续沿着西边的海底谷壁向北行驶，不久你会发现另一处海底通道。向左一个急转弯后可以看见一个深深的海底洞穴。一直开到尽头后使潜艇浮出水面竟到了一个内地湖。如果此时你有Vincent在队伍中，进入瀑布后的山洞会发生隐藏事件。当Disc3带着Vincent再次返回时会得到他的终极武器和Limit技。因为此部分并不属于主线并可以跳过，所以不再过多叙述。
从海底洞窟出来继续沿着西岸向前开一点会发现另一个海底洞窟，那把"钥匙"就插在这里面。
返回AncientCity，在Bugenhagen用钥匙启动装置后得知Aeris已经祈求过唯一能阻止Meteor的圣灵魔法(Holy)了，但为什么没有作用呢？一定是Sephiroth抑制了圣灵魔法的启动，唯一有能力这样做的也只有Sephiroth了。
Cloud一行人正要离开时突然接到CaitSith的电话，据了解神罗已经将原来的JunoCanon移动到了Midgar，这是为了使用Midgar的全部魔光能量来击碎笼罩在北方大空洞上空的能量罩。看来现在还是尽快去Midgar为妙。
从AncientCity出来正要登上飞空艇时一只Weapon突然出现了。看样子它朝Midgar方向去。经过大家的讨论最终决定一起对付这只巨兽。
将飞空艇停在Midgar的北方，整理好队伍后准备迎接即将到来的战斗。
提示
此BOSS在FF7日版中不会出现，攻略时请对应版本。
BOSS战—DIAMONDWEAPON
战斗开始后为我方使用haste,regen,Barrier,MBarrier/Bigguard，尽量使用如Ultima，Comet等魔法攻击，物理攻击对它造成的伤害微乎其微。因为对方的强大攻击力，你需要随时注意我方队员的HP不要过低。尤其当DiamondWeapon进行倒数时一定要注意HP等我方附加状态。等倒数结束后它会以绝招DiamondFlash进行攻击。可以对我方全体造成1500—3000点伤害。
提示
从DiamondWeapon身上可偷得"RisingSun"—Yuffie的强力武器。
战斗结束后DiamondWeapon仍然没有停下去往Midgar的步伐。就在这时...
以Midgar所有魔光炉产生的能量为动力的"SisterRay"在Rufus的命令下发射了。与此同时DiamondWeapon也向Midgar发起了猛烈的进攻。
力量极其强大的SisterRay直接贯穿了DiamondWeapon的身躯并向北方大陆继续前进，最终笼罩在大空洞上方的能量罩也被击碎。就在Rufus听到胜利号角的时候DiamondWeapon的激光束也到达了Midgar。Rufus最终也没能逃过这次袭击。
乘飞空艇向极北的大空洞行驶，并发现笼罩在大空洞上方的能量层已经消失。就当大家以为已经没有任何东西可以阻碍进入大空洞的时候，CaitSith突然告诉大家位于Midgar的SisterRay的能量已经超载，并且准备向大空洞进行第二次射击。Hojo博士正在操纵着SisterRay，而此时神罗也无法停止Hojo。
驾驶飞空艇从Midgar上空经过的时候大家使用降落伞空降至Midgar城内。
跟随CaitSith进入后面的小巷，在旁边保存游戏后再跟随进入地下。
提示
进入地下后首先应该向梯子右侧的通道走以获得B点和A点的道具，否则在下面的石板断开之后你将无法返回取得这两个道具。
从入口处向下沿着楼梯走到下层的尽头然后再向右走。当踏上石板后因为石板断裂掉落至下层。然后沿着管道向上爬，爬到顶后沿着平台走至管道入口6，然后沿着梯子向上来到一处记忆点和场景的出口。
从出口出来后就是火车隧道，此行的目标SisterRay在隧道的上方，但在隧道的下方可以找到大量的稀有道具。
向上方走时Reno,Rude和Elena会出来阻路，这次你会有一个选择是否和他们交手。
BOSS战—Reno,Rude,Elena
战斗开始后立即为我方施加辅助魔法—Barrier,MBarrier或者Wall，BigGuard以及Regen。然后使用群体攻击魔法或者召唤兽对其造成群体伤害，同时也可以使用毒系攻击使其全部中毒。另外敌人中任何一人都持有一个可偷得的特殊道具。
Elena会使用Confusion魔法使队员进入混乱状态，同时她也会释放全体火属性魔法。Rude的徒手攻击有时会引发会心一击，即可对我方造成将近4000点的伤害值。Reno在此场战斗中并不会对我方造成太大的威胁。
战斗结束后可从刚爬出的管子爬回到上一个场景的记忆点进行游行储存。
击败敌人后沿隧道向上走。在前方第一个分叉处向左转到Cannon处，如果右边走再选择下一个左分叉则会通往神罗总部。
在神罗总部的GiftShop可以得到PileBunker和MasterFist两样道具。
还可以在63层得到Cid的武器GlowLance。
在64层得到CaitSith的终极武器HPShout。因为这次回来只能上到65层，所以拿到所有道具之后就可以返回到通往Cannon的那个交叉口了。
BOSS战—PROUDCLOD
从铁架子爬上来之后继续向上走会直接在路上遇到ProudClod。
这个BOSS有两部分组成——它的躯体(上)和防护甲(下)。战斗开始后先集中火力将下面的目标打掉，这样再打上面的躯体部分会使它承受更大的伤害。
此BOSS的MachineGuns会对我方单人造成500-1500的伤害，BeamCannon则会对我全体造成相同程度伤害。同时也要注意它的RainbowRay攻击。这一招虽然不会对我方队员造成直接攻击但却会在我方一个队员身上附加Reflect状态，使得无法对自身使用辅助魔法。当我方中Reflect的时候，可以使用DeBarrier来消除Reflect的状态。
战斗开始后对我方使用Wall,Regen,haste,等辅助魔法，然后再按部就班的将其下，上两部分一一击破就可大功告成了。总体来讲这个BOSS并不是很难。
战斗胜利后获得"Ragnarok"。
战斗结束后继续向前走，进入下个场景后可在H和G点处发现两个宝箱。梯子下也有存储点可以进行游戏保存，建议在继续往前走之前先保存一下游戏吧。
从梯子上去在I点会发现一个绿色的宝箱，Barret的终极武器"MissingScore"就在里面。但是如果Barret不在队伍中的话那么你是无法得到这个宝箱的。
行至最顶层，发现Hojo正在忙于给SisterRay加大功率，从他口中得知原来Sephiroth就是他的亲生儿子。
BOSS战—Hojo
Hojo—形态(一)
在接下来的战斗中Hojo会分别展现出他的三个形态，首先出现的第一形态是最简单的。只要集中火力攻击他本人就可以了。这场战斗中不是很需要打他召唤出来的怪物。因为其它怪物在死后还会再生。
Hojo—形态(二)
进入第二形态后先攻击Hojo的右手臂，他的右臂的HP要比主体低，而且攻击力很强。虽然右手臂在一段时间后会再生，但仍然可以趁那段时间全力攻击他的主体。在这个形态下Hojo会使用一些Sleepel和Confu来混乱我方队员，但效果并不是非常明显。
Hojo—形态(三)
状态三下的Hojo的攻击速度比之前要快了很多，每次的攻击都会对我方造成500点左右的伤害，而且还会附加一些不良状态。"CounterAttack"对他会比较奏效，会反击他快速而且频繁的物理攻击。当我方队员被附加不良状态时尽量使用"Esuna"来恢复。只要战斗时留意自身的HP不要过低就应该可以从容取胜的。此形态下的Hojo的HP并不是很多。
战斗胜利后会得到一个"PowerSource"。
到这里，神罗已经彻底被瓦解了，接下来要做的也只有去收拾Sephiroth了。
但在继续前进去往NorthCave以前最好做好一切的准备。因为通往最终BOSS的道路又长又难，所以现在也是一个去收集最终武器和最终召唤的好机会。但不管怎么说，接下来的路还是由玩家自己来定吧^^
DISC2完
