第三节：神之箱
step8.最后一座资源回收塔是在游乐园，其名为“神之箱”。
这时候玩家会切换控制A2，她收到了机械生命体的广播，然后亦前往游乐园的神之箱。
step9.接着又会切换到9S这边。
在神之箱一层打开一个宝箱会令到场景灭灯，以骇入的方式击退一层的所有敌人。
二层最好是跳到横梁上，在高处将射击的敌人全都击坠。
step10.到达神之箱楼顶，9S会遇到通信员21O，可是她已经被感染了。
第一回合，21O会控制一条机械巨蛇围绕着自己，留意巨蛇身上的光球，对其进行骇入，每次骇入成功可以对巨蛇造成1/10的伤害。
step11.摧毁巨蛇之后，21O就会出来迎战。
她的攻击套路和9S十分相似，一套连招过后就是把刀扔出来。
只要不过于靠近，9S的物理攻击（遥控武士刀）作战方式距离比21O要远。借此当21O靠近就马上闪避，往往都可以完美避开她的攻击。
虽然9S的物理伤害并不高，但这种打法几乎可以无伤，如果靠骇入也可以，但是就更加费时间。
剧情：21O还有一丝气力，她打算偷袭9S之际被A2所杀，A2从9S身旁走过，并且借用2B的话希望9S可以恢复自己的本性，成为温柔的人。
可是被愤怒冲昏头脑的9S已经无法再听A2的话，在两人短兵相接之后，神之箱开始崩坏，9S再一次坠楼（还是这种莫名其妙的退场方式）。
step12.接着A2要面对哥弟机械人，他双臂上有多个机械头，只要不靠近它们就不会被电击锁上，当众多电击头飞出后，就可以攻击哥弟机械人的本体，几刀过后就可以消灭他。
原来这机器人就是二周目、三周目中都会遇到的弟弟救哥哥情节中那两兄弟所汇聚而成的敌人。
最终A2还是痛下心来砍杀了这兄弟俩。
