最终之战
进入宫殿，林克一眼就看到了处于昏迷的塞尔达公主，而其下坐着一人，正是黑暗之王——加农道夫。加农告诉米德娜，他早已盯上了黎明世界，他知道黎民世界的人拥有与海拉尔大陆的人完全不同的另一种力量，所以他利用了赞特，他要完美地将黎明世界和海拉尔世界的力量融合在自己体内，这样他将成为世界新的主宰。加农更是要吸收塞尔达公主的力量，虽然米德娜拼命要保护塞尔达并阻止加农，但是并没有停止加农的脚步，他依然融入进了塞尔达公主的体内。
BOSS战：
加农的傀儡——塞尔达（Ganon’sPuppet——Zelda）
被操控的塞尔达公主将米德娜打出了宫殿，之后与林克兵刃相向。林克的所有攻击都对公主无效，而米德娜告诉林克，其手中的剑拥有光明之力，可以将公主的力量反射回去，于是此战的唯一攻击手段是利用公主打出的光球砍回去，但是如果距离太远会被公主继续砍回来，所以要注意距离。
胜利之后，成功将加农逐出了公主的身体，正当二人以为战斗结束之时，加农却一跃而起，变身成为黑暗巨兽。
黑暗巨兽——加农（DarkBeast——Ganon）
巨兽加农虽然体型巨大但是行动却非常敏捷，并且会不断四处传送然后朝林克发动突袭。要注意在加农消失时周围会有传送门，一旦出现紫色的门，则表示加农会由此出现。用弓箭射击他头顶使他摔倒，随后攻可击其腹部的伤口，几轮攻击过后加农会改变战术，再用弓箭已经不能命中，此时米德娜表示自己已经恢复体力可以帮助林克战斗了。之后用狼形态，在加农冲过来的时候抓住他并和他角力将其拌倒，就象刚开始拌山羊一样，如此反复，最后终于战胜了巨兽加农。
然而被击败的加农仍没有被消灭，他将自己魔力化并准备彻底消灭三人，但就在此时米德娜将林克和公主传出城堡，决定以一己之力对抗加农，一场爆炸之后，出现在二人眼前的却是高举着暗影皇冠的加农的身影。愤怒林克正要冲上前去为米德娜报仇，公主阻止了他并向四个光之精灵求助，精灵以自己的力量化为光之箭，而公主也请求林克帮助自己对抗黑暗的恶魔，林克欣然接受。
接着会在艾普娜上继续进行战斗，林克必须先靠近加农后锁定目标，公主会搭弓射箭，命中后加农会减速，这时再冲上前去攻击，几次攻击过后加弄会下马并展开结界将林克独自和自己困在其中。
黑暗国王——加农道夫（DarkLord——Ganondorf）
真正最后的决战时刻来临了，若碰到周围结界的话会对林克造成伤害，虽然加农剑术高超，而此时的林克也已经可以应付自如，本战没有什么难度，唯一需要的就是耐心。最后经过一番激烈的周旋和角逐后将加农终于被打倒在地，林克狠狠地将征服者之剑插入了黑暗国王体内，彻底清除了本不属于这个世界的黑暗。
终章世界秩序的平衡
加农终于倒下了，但他仍然不甘心自己的失败，扬言终有一天黎明和黑暗世界都将被血洗，且自己也不会被杀死在这里。随后加农启动了黎明魔力向赞特寻求帮助以逃离此地，而此时却被无情地拒绝了，受到双重打击的加农终于倒下了，世界也终于恢复了平衡。此时，远处的光之精灵开始绽放耀眼的光芒，在那光芒之下依稀能见到米德娜那弱小的身影，于是林克激动地跑了过去，惊喜地看到了不但没死反而变回了黄昏公主的米德娜，此时的米德娜笑着调侃目瞪口呆的林克。
短暂的相聚最终还是要面对分别，来自不同世界的人永远不能在一起，而与林克一起经历了一切冒险的米德娜也不得不回到自己的世界，回到自己子民的身边。终于，众人来到镜子古墓为米德娜送行，米德娜明白光明与黑暗本不能在一起，也知道只要镜子还存在于这个世界，那么两个世界就会被一直连接在一起，互相干扰。为了两个世界之间不再起纠葛，米德娜不得不将自己对林克的好感深深地埋藏于内心深处，纵使不愿意，她最终还是选择了将镜子彻底粉碎并回到自己的世界中去，告别了海拉尔，也永别了林克……
