精灵宝可梦日月不少水生宝可梦需要通过垂钓来捕捉。本作的钓鱼系统与以往不同，玩家只能在固定的垂钓点钓鱼，而且取消了鱼竿的等级设定，所有种类的宝可梦都要用一种钓竿钓起，这意味着低稀有度的水生宝可梦会更难钓到。有时候，几十杆下去，钓上来的全都是鲤鱼王，的确让人很绝望。
▲垂钓丑丑鱼，是卡住不少训练师的难题
垂钓稀有宝可梦看似困难，但掌握一些小窍门后还是可以做到的。在游戏中，特定的垂钓点会有气泡冒出，此时向垂钓点抛竿的话钓出稀有宝可梦的几率会明显提升。
▲注意，快速靠近或解除气泡会使气泡消失
全部的稀有水生宝可梦都可以通过这一方法提升出现几率。钓上宝可梦后气泡会消失，如果没有钓到想要的宝可梦，可以通过切换场景的方法刷新气泡。某些钓鱼点距离场景切换点很远，这种情况可以在气泡前存档，若没钓上想要的宝可梦就快速读档(L+R+START)，气泡依然存在，重复操作即可。
▲冒着气泡的钓鱼点不仅能钓到稀有宝可梦，有时还可以钓到稀有道具
有些宝可梦需要在特定钓鱼点钓出，以下列出部分推荐的钓鱼点：
美乐美乐海左侧：太阳珊瑚、爱心鱼
卡拉蔚湾洞口旁：大舌贝
潺潺之丘入口处木桥下方：丑丑鱼
潺潺之丘霸主处：保姆曼波
生命遗迹入口右手边：灯笼鱼
乌拉乌拉后海岸：磨牙彩皮鱼
海洋居民之村大钢蛇船：破破舵轮
波尼原野：古空棘鱼
彼岸遗迹入口右手边：巨牙鲨
波尼险路木桥边：迷你龙
