该游戏剧情设定在《伊苏5》和《伊苏6》之间。游戏以位于格利克南方的盖特海上的一座浮岛“塞莲岛”为舞台，讲述了因意外而漂流到“永远被诅咒之岛”的亚特鲁的冒险故事。

格里克南方的群岛海域。在“盖特海”上漂浮的那座岛屿附近的海域，有着航行到此的船只最终会遇到迷之沉没的传闻。
亚特鲁乘坐由桑德利亚发往艾雷西亚大陆的旅客船“隆巴尔迪亚号”的途中，突然船遭受到了迷之巨大生物的袭击，乘客随着船只的沉没一同卷入海底。
亚特鲁醒来后发现自己身处于闪耀光辉的白色沙滩海岸，望着海域发现自己现在身处之地即为永远的被诅咒之岛“塞莲岛”。那里有着无人涉足过的原始自然，达成与外界不同进化的奇妙生物，以及散落各处的迷之古代文明遗迹。
救出漂泊的其他乘客们后，为了对抗袭击人类的“古代种”，亚特鲁他们开始搭建作为据点的“漂流村”。之后亚特鲁在此地做了不可思议的“梦”，梦中有着蓝发的神秘少女与她生活着的未知世界。
为何这座岛被称作“永远的被诅咒之岛”，岛上暗藏怎样巨大的秘密，而出现在亚特鲁梦中的少女又是何人。
在这所埋没在传说的浪花间的绝海孤岛上，亚特鲁开始了其崭新的冒险。