《Astral Chain》的故事发生在一座名叫“方舟”的近未来多元化城市里，某一天，一道次元之门忽然出现并放出了大量可怕的生物袭击居民。城市的警备队完全无法抵抗这些侵略者，在这生死存亡之际，特殊警察部队“Neuron”出动了。玩家所扮演的角色就是Neuron的一员，游戏伊始需要选择角色的性别，而没有被选中的另一方也不会就此消失，而是会转变为主角“弟弟、妹妹”的存在。