如龙3 近江连合事件结束后，桐生一马将东城会交给前小弟堂岛大吾，并与他最爱的女人泽村美雪所生下的遗腹子泽村遥一同移居冲绳。桐生在冲绳经营与养父风间新太郎有所关联的孤儿院「牵牛花」，与不同境遇的孩子们过着安稳的日子。就在此时，牵牛花面临了土地征收的危机。桐生为了心爱的孩子们，只身面对进行土地征收的冲绳黑道组织琉道一家。琉道一家被桐生逼退，但也因为这次事件见识了桐生的男子气概，转而放弃征收土地。在桐生与琉道一家的羁绊开始萌芽之际，琉道一家的会长名嘉原遭到枪击。同一时间，东京的东城会新锐会长堂岛大吾也遭到不明人士枪击。相隔遥远的东京与冲绳，同时发生的两个事件，背后都是同一个男子所为。而这个人，看起来似乎是桐生已故的大恩人——风间新太郎。