如烟往事 洛克从昏睡中苏醒后和伙伴们商议，决定兵分两路，一路保卫巴拿，另外一路出发去寻找蒂娜。组队出发，跟留下的伙伴聊天即可重组队伍。此时如果是低等级通关的话，很快就要进入崩溃前难度最大的几个部分，要做些准备。先选择洛克，嘎，艾德和马修组队，先调查钟摆，然后去炭坑右下的炭坑仓库里把能开的宝箱全开了，然后给洛克装备盗贼的护臂和盗贼的小刀强化偷窃成功率。然后去道具屋多买几个烟玉烟雾弹。
然后去炭坑的暗道，走到希望之光引领我们向前那个坑道，故意走错，遇敌，有几种组合，有一种组合小概率出现，就是左图所示的五怪队。五个敌人中的巫师身上有冰杖，这是目前唯一能偷到冰杖的地方，所以要在这里多偷几个冰杖，如果之前打挖掘机时扔掉了雷杖，那一定要在这里多偷几个冰杖。但是大多数时候出现的不是冰杖，只有小概率能够偷到冰杖，所以如果没有模拟器即时存储的话，这里偷到一个冰杖要遇小概率敌， 还要偷小概率的物品，成功率实在太低，很痛苦，但是如果使用即时存储的话，并不要花多长时间。当希望之光指引完后，会遇到什么敌人已经确定了，所以在此时即时存一下，然后故意走错，遇敌，如果遇到的不是五怪队，逃跑，再次让希望之光指引我们前进，即时存一次，然后遇敌……如此反复，直到遇到五怪队。然后偷巫师物品，如果偷到冰杖，逃跑，如果不是冰杖，读取之前的进度，再偷……如此反复，确保每次遇到五怪队都能偷到冰杖。最少在这里偷五到六个冰杖。搞定后出城向费加罗城进军！ 马修在离开费加罗十年之后再次回到费加罗城，不免心情激动，撇下众人跑开了。调整队伍顺序，让艾德领队，然后到大厅右侧的房间内购买机械，艾德领队机械半价出售，买入新机械电钻和闪光灯。然后到皇城左侧的宿屋中休息……夜晚马修坐在皇座上想起十年前那个夜晚，费加罗国王被帝国毒杀的那个夜晚，马修选择了自由愤而出走，而艾德则为了费加罗城选择留下，十年过去了，当兄弟俩再次相聚在费加罗城时难免唏嘘感慨……
睡醒后出城，回到炭坑都市，把嘎跟马修留下，换上莎莉丝，记得把他们俩还有加源的饰品和装备都卸下。看看冰杖，烟玉，艾德的新机械都搞定没。全搞定后就出城回到费加罗城，进城堡后左拐往下，来到机械室，跟年长的机械师对话，开动费加罗城，潜入地下，往西潜行…… 出城后向西，来到了洛克的家乡科林根村，在酒吧再次遇到了影忍，花三千大洋便可邀请其加入。来到村子左上的小屋中，洛克回忆起他前女友瑞秋的往事……在一次探险中，瑞秋为了保护洛克坠落深渊，当瑞秋再次苏醒时，已失去了记忆，因此洛克被瑞秋的父母轰了出来，而瑞秋则恳求洛克离开，洛克含泪离开了村子，当洛克再次回到村子时，瑞秋已死于一次帝国军的袭击，临死前喊着洛克的名字，洛克因不能保护瑞秋而陷入了深深的自责中……
来到村子右侧的一个屋子里，走到地下室，会看到群花擁簇着瑞秋的遗体，原来洛克在瑞秋身亡之后用此屋老人的秘方来保存女友遗体，同时四处寻找能够起死回生的幻之秘宝……众人离开后莎莉丝又回头看了看瑞秋的遗体……从现在开始，只要影忍在队，去宿屋睡觉，影忍就会做梦，想起他当盗贼克莱德的过去，在一次追捕中，他的同伴比利受伤被擒，危机时刻，比利怕受折磨请求克莱德动手杀了他，但是克莱德还是无法下手…… 在保存瑞秋遗体的屋子里盔甲背后有个箱子，要绕道从屋子的后门进入方可打开。出村后往北，有间小屋，屋子里靠左的罐子里有枚英雄之戒。小屋再往北的森林里有陆行鸟出租，花钱租个陆行鸟一路跑向山谷中的佐佐镇……先向南，绕过群山之后往东一点，再向北，就可以看到被群山怀抱中的佐佐镇了。
来到佐佐镇之后，影忍先在战斗中使用木叶蝶之术，隐身，然后留意一种敌人，就是左图中的绿色机械工，经常四个一起出现，遇到之后用艾德的超声波震裂使其混乱，然后就会对我方使用隐身，如果是低通的话，遇到BOSS前至少保证除影忍之外另外三人中艾德和另外一人是隐身状态。左上方宿屋里面把把时钟调到6:10:50就可以开启秘道，拿到艾德的机械电锯，不过如果是低通的话电锯作用有限，暂时先不拿。从镇左下开始爬楼…… 辛苦爬完楼之后BOSS战，此BOSS会召唤两个武斗家，有经验，低通的话不要打，集中攻击BOSS，BOSS的攻击大部分是物理攻击，打不到人，用艾德的电钻迅速解决战斗。另外当BOSS召唤两武斗家出来后，两武斗家是毒属性吸收，所以艾德可以用生化武器先吹一吹，给两武斗家加HP，免得战斗中误伤。胜利后继续往上走便可找到蒂娜，两侧的宝箱别忘记开了。来到顶层，见到了蒂娜，一位老人模样的幻兽拉姆正在照顾她。拉姆告诉众人，
蒂娜也是幻兽的一员，很多年以前，人与幻兽和平共处，后来爆发了魔大战，人类从幻兽身上抽取魔法之力与幻兽开战，战后幻兽们畏惧自身的力量再次为他人所利用，于是创造了幻兽界，将人界隔离开来，二十年前，帝国皇帝加斯特拉闯入幻兽界，掠走了幻兽，从中抽取力量，集结了强大的军队……警觉的幻兽制造了巨大的魔封壁将人类挡在外面……那时被俘获的幻兽至今仍关在帝国的魔导研究所中，或许那些幻兽的力量能够救蒂娜…… 而帝国军使用幻兽力量方式是错的，幻兽只有死后变成魔石才能发挥出真正的魔导之力，拉姆随后拿出从魔导研究所逃跑时候死去的幻兽化身而成的魔石，连同拉姆自己也化身为魔石一并托付给众人。使用幻兽的方法是选择能力一栏后选择第一项，便可装备幻兽，装备后，在战斗中选择魔法，然后按上，就可以召唤出幻兽进攻，一场战斗只能用一次。低通的话，此时把影忍身上的装备和饰品卸下来。马修等人已赶到，正等在门口，跟他们汇合吧……
歌剧惊魂
在佐佐镇汇合后众伙伴商议，莎莉丝对帝国内部比较了解，毛遂自荐带队前往，而洛克建议说要去帝国的话，不妨先去佐佐镇南边的夏多鲁镇看看。重新组队出发，洛克和莎莉丝是必选，另外两人选艾德和嘎。剩余众人回到炭坑都市加强防卫。组队完成后，莎莉丝偷偷问洛克为何要同她一起前往？洛克说是想找个理由去帝国看看，兴许有什么秘宝可以挖呢……向夏多鲁镇进军吧。 来到齐多鲁之后，如果是低通，要再做些准备工作，先租一个陆行鸟往北，来到费加罗城，跟机械师对话，向东潜行，出城后往南，去南费加罗洞，科洛兹山，回归者组织总部，巴拿屋中最靠下的密道，跳下木筏，来到马修当时登陆的地方。然后穿过魅影之森，然后跳下巴伦瀑布，来到兽之原，让莎莉丝装备魔石凯特·西，嘎装备拉姆，艾德装备麒麟，洛克装备塞壬，打怪赚钱练魔法，凯西魔石能够习得的第一项灰魔法混乱很重要，一定要学会。
另外塞壬魔石可以习得的催眠魔法以及麒麟魔石能够习得的一级医疗魔法是稍后低通破关的关键，在兽之原上也要学会。学会混乱魔法之后，将来要练魔法就可以使用混乱＋烟玉大法。同时让嘎学习蛇道中遇到的三个水生物的特技，记住电水母和水蛇，尤其是电水母的招数：百万伏特非常好用，学完后在兽之原上先试用一下。 混乱＋烟玉大法简介：对己方角色使用混乱魔法，同时在混乱魔法动画开始后结束前，让这名角色使用道具烟玉。这样当这名被混乱的角色开始行动时，他就会对敌人使用烟玉，强行让敌人逃跑，敌人逃跑后可以获得AP，就是练魔法必需的技能点数，装备魔石并积累一定的AP之后便可学会魔法，但是无法获得经验，低通的话就不会升级，通过这种方式，可以在兽之原以外的地方战斗练魔法。注意，如果战斗中己方无法逃跑，那么对敌人使用烟玉，敌人也无法逃跑。 给嘎装备魔法增幅耳环和赫尔墨斯之靴，艾德装备缎带，洛克装备冲刺靴，检查看看三种关键魔法：混乱，催眠，医疗魔法是否学全，嘎的技能是否学会，金钱要达到一万八以上，都搞定后跳下蛇道到港口，坐船到南费加罗镇，再穿过南费加罗洞来到沙漠中的费加罗城，开动费加罗城向西潜行，出城后往北走，在原先拿英雄之戒的小屋周围的森林里租个陆行鸟，一路跑回夏多鲁镇，进入夏多鲁镇之后，先去道具屋补充几个金针。
然后去镇最上方歌剧院剧团团长的家里，发现他正在为歌剧的女主角而发愁，因为驾驶着著名黑杰克号飞空艇的赌徒西捷亚给剧团发来一封勒索信，威胁要绑架歌剧的女主角……洛克和伙伴们商议，决定让长相酷似女主角玛丽亚的莎莉丝假扮女主角，然后利用黑杰克号飞空艇前往帝国所在的南方大陆。在团长家最右上的罐子里有一个以太，取到手后到镇入口处租一个陆行鸟往南跑，歌剧院就在南方大陆的尽头。 来到歌剧院，洛克说服团长让莎莉丝代替玛丽亚做女主角，诱捕西捷亚。恼人的章鱼怪又出现了，在偷听了团长与众人的计划之后，章鱼怪决定破坏歌剧的演出……在莎莉丝进入后台准备的时候，洛克与团长一行来到观众席观看演出，很快轮到莎莉丝上台了，洛克决定到后台看看莎莉丝。到了后台，洛克竟然脸红得不敢看莎莉丝……此时控制莎莉丝行动，看看剧本预习一下台词，出台后台词顺序是1-2-1。
唱完之后来到二楼，跟着男主角起舞，随后男主角化作鲜花，莎莉丝将其捡起，来到天台扔下以表达思念之情，远方流星划过天际……后台洛克在返回座位的路上发现章鱼怪的威胁邮件，方才发现章鱼怪的企图，赶忙将其交给团长……章鱼怪打算从天棚砸一个4吨重的铁锤破坏演出，但太沉了需要5分钟才能推下……洛克和伙伴们决定出手制止章鱼怪的恶行。先去右上方的控制室，拉下最右边的扳手，然后再从左上方的路口处进入天棚…… 如果是低通的话，此时进入低通难点之一，天花老鼠回避。目标是章鱼怪，沿途有五群老鼠捣乱，可能遇到3只或者5只老鼠的组合（一黄两绿或两黄三绿），战斗无法逃跑，理论上要维持低通的话，最多只能杀一只黄老鼠，而且经验必需全员分享，不能有任何一人在战斗结束时战斗不能，杀掉黄色老鼠之后给绿色老鼠补血，绿老鼠就会逃跑，所以只能选择遇到一群老鼠，而且这群老鼠必需是一黄两绿的组合，遇到5只老鼠就reset。
一般来说前两群老鼠比较难躲，尤其是第二群老鼠，相当难躲，所以一般来说选择躲开第一群老鼠，处理掉第二群老鼠。老鼠的行动路线在团长交代完之后就已决定，所以如果有即时存储的话，在进入左上门前可以即时存一下，然后进门之后看清第一群老鼠的活动路线，然后记住老鼠的活动路线，再次读取进度之后老鼠的活动路线不会改变，要避开第一群并不算太难。一般来说来到左图的位置就大概算是避开第一群老鼠了。 躲开第一群老鼠的关键在于当老鼠活动到H形的边角的时候，也就是当老鼠活动到上方的时候是躲避的最好时机，快速冲过去便可搞定。按住B键可以冲刺，如果装备有冲刺靴的话，可以在冲刺的基础之上再加速，也就是达到4倍速冲刺，这样回避的空间会更大。如果不使用即时存储的话，可以在首次进入天花板的时候就主动遇敌，然后不要杀任何一只老鼠，全体自杀，这样会回到歌剧院外，游戏不会因此结束，只有连续三次被天花老鼠全灭，游戏才算真正结束，再次进入歌剧院，可以略去大量剧情，直接进入天花老鼠回避的部分，无法或不屑使用即时存储的玩家可如法炮制。从跟团长对话完之后开始计时，必需在5分钟之内来到章鱼怪处，时间还算充裕，并不是很紧张，稍微留意一下即可。在遭遇章鱼怪之后，众人与章鱼怪扭打起来，一不小心，双双失足跌落至舞台上…… BOSS战，嘎变身电水母，两回合使出百万伏特，艾德再用一次电锯即可以干掉章鱼怪。如果没有学会电水母的招数，变身成火球炸弹也可以，不过比较耗时。章鱼怪本身的HP不多，才2550，但是这是章鱼怪在每一个位置的HP，所以基本上只要章鱼怪变换一次位置，HP就会恢复，也就是说必需在同一位置上打掉章鱼怪2550的HP战斗才会结束，速战速决是首选。战斗结束后西捷亚劫走莎莉丝……
莎莉丝在被绑架之后，从飞空艇上放下绳索，将同伴们拉上飞空艇，很快西捷亚就发现了众人，并愤怒地发现莎莉丝不是玛丽亚，遂要赶走众人，在众人的恳求之下，西捷亚似乎改变了心意，约伙伴们稍后再谈。来到飞空艇大厅，跟西捷亚谈判，西捷亚提出要莎莉丝做他的妻子，莎莉丝同意但是有一个条件，就是要求掷硬币来决定，西捷亚欣然接受。莎莉丝用艾德和马修双面头像的硬币胜了西捷亚，西捷亚无奈只得同意前往帝国大陆…… 洛克：“这种破烂的船能飞得起来吗……不会掉下来？”
西捷亚：“该坠落时它自然会坠落……所谓人生，就是不断地跟命运赌博，冲破命运的束缚……”
众人乘上飞空艇黑杰克号，飞空艇在西捷亚的驾驶下飞向帝国的首都维克多……帝国首都维克多出现在海平面上……
