普雷斯敦说司特吉研究了主角带回来的学院资料，得到学院地下建筑的平面图，可以通过冷却反应炉的水道进入学院。
再到庇护山丘找司特吉交谈，从他手上取得学院转送机瞄准程序的全像卡带。
传送至理工学院废墟，此时朝着河岸跑，途中遇到变种人、拾荒者的话不用纠缠，从河边绕过去。
抵达标志地点，纵身跃入河里，在水底找到一条管道游进去。洞口被一堆枯黄的水草包围，不太容易发现。
游到水道的岸边，在墙上有个键盘，在上面输入密码打开排水管道的安全栅门。
在键盘的左边有台终端，用它可打开一道安全门，里面有些武器弹药等着你去搜刮。
跳回水中，在平台底部找到另一条管道，游进去。
由管道掉落到下面的水渠中，爬至岸边沿通道前行，在顶部有两个雷射炮塔，小心摧毁。
往前再穿过一条管道，打开左侧的舱门出去。爬楼梯越过一道平台，这里有道装甲工作台。
从另一边的楼梯下去，消灭鼹鼠妈妈。沿水道继续走，开始出现狂尸鬼，耐心清除。
来到如图位置有一个保全终端，如果能破解的话可以少走一段路径。
否则只有由水道末端的墙洞进到室内，穿过曲折的迷宫到达这间屋子。这间屋里有不少的治疗药剂和弹药。
进到屋子穿到后面，下楼梯后找到如图的管道缺口。穿过管道来到学院房间。
利用电脑终端机载入“学院转送机瞄准程序”，将普雷斯敦、司特吉等人传送过来。
接下来的流程和钢铁兄弟会路线大致相同，不过为了攻略的完整，还是写在这里吧。
和普雷斯敦•加维交谈，从他手上拿到核融合脉冲炸弹，然后带着大家沿走廊前行。
前面会遭遇大量合成年人的阻击，墙上的终端机可以关闭炮塔，减少抵抗的火力。有些炮塔关不掉的，主角优先摧毁，由助手去压制合成年人。
来到这里，用墙上的终端机激活一只铁卫兵机器人，它和车间里的合成年人自相残杀。让助手们待命，等所有的合成年人挂掉，再去击杀弱血的铁卫兵。
由车间末端的舱门跳落到下一层，穿过维护通道，推门进至学院生命科学部门。
在大厅展开激烈的战斗，敌人还有机率释放合成大猩猩，速度迅猛，比较难缠。
来到外部庭院清理掉所有的合成年人，司特吉找到了反应炉的位置，可以由先进系统部门穿行到那边，只是这里所有的大门都是紧锁的，目前没有办法进去。
只有将保安系统切换成手动控制，才能打开这道大门。
