第三章深海鱼族的传说
回到卡卡里科村，林克遇见塔洛，他看到了林克的英雄之弓，又闹着要林克表演箭术，并要林克射中西北山丘房子顶上的一根木棒，就算是救世主，要看清那么远的物体也还是有点勉强，林克只好到商店买了一副鹰眼（Hawkeye），有了这个就能够看清楚远处的物体了，林克一箭射中目标，孩子们都非常佩服林克，并给了林克一片心之碎片。告别了孩子们，林克来到巴恩斯的炸弹商店，在这可以买到炸弹，利用它林克炸开村口泉水旁的一个石头，出现了一个山洞，林克进入后使用钢之靴潜入水中得到一个心之碎片，出来后在炸开的山洞正上方还有一个巨石，使用炸弹箭将其炸开，会发现另一个心之碎片。林克在村里做好了补给，准备继续去寻找失踪的伊莉娅。
走出卡卡里科村，林克来到海拉尔平原，经过艾尔丁大桥，没走多远，第三堵黑暗之墙前出现在林克面前，进入黑暗世界，不远处发现了伊莉娅留下的包裹，随后追随伊莉娅的气味，进入了海拉尔城堡（HyruleCastle），跟着气味来到一间酒吧前，门是开着的。林克钻了进去，看到了伊莉娅，眼前还有一个陌生种族的病人，听到旁边的卫兵说这个可能是佐拉（Zora）族的后裔，通过他们的谈话还得知海利亚湖（HyliaLake）是佐拉鱼人出没的地区，林克在桌子的地图上看到了海利亚湖的位置，既然伊莉娅安然无恙，那么就动身前往海利亚湖吧。来到海利亚大桥上，林克发现桥上撒满了火药，原来兽人们早就埋伏在了这里，兽人从两边点燃了火药，林克进退两难，底下又是海利亚湖，看来只有跳下去了，林克迅速把附近的箱子推到桥边，然后爬上去坠入了海利亚湖。
海利亚湖
林克上岸后，来到一座奇怪的房屋前，听到房前的人说不远处有一个兽人弓箭手时常骚扰他，林克当然不会放过这个兽人弓箭手，看来这不是一个普通的弓箭手，他召唤来一只巨大的飞龙，骑到飞龙背上与林克周旋，就是这样林克也不会退缩，获胜后米德娜将飞龙驯服了。飞龙带着林克飞进了一个山洞，这里地势险要，稍不注意就会撞到峭壁上。飞出山洞，林克来到了佐拉河上游（UpperZora’sRiver），这里的河床都结冰了，林克跳下河床，沿着冰川向东前进，随后米德娜会带着林克攀登上北边的冰川，到达冰川顶部后，进入最北边的洞穴。这里又遇到了三个黑暗使者，消灭后出现了这个地区的黑暗空洞。接下来来到已经被冰冻的佐拉王国，米德娜记起了死亡山上的一块炙热的巨石，传送回死亡山，米德娜发动魔法将巨石传送到佐拉王座处，炙热的巨石将整个冰河都融化了，随后佐拉女皇鲁特拉（Rutela）的亡魂出现，她向林克表示感谢，她还请求林克找到并解救王子拉里斯（Ralis），难道就是海拉尔城中那个正被伊莉娅照顾的佐拉人?女皇承诺如果林克完成任务的话，会赐予林克水中呼吸的能力。林克一路返回到海利亚湖，上岸后发现一个洞穴，林克进入后找到最后一个光之精灵，它将最后一个光之石交给林克。
拉内鲁地区
林克又踏上了收集光之泪的旅程，在精灵之泉的右边道路上不远的地方就有一只，往北尽头处的湖边还有一只，南边的草丛中藏有一只，把草打掉就可以看到。林克向西边游去，在一个小半岛上也有一只，向海利亚湖的南边游去，上岸后林克发现灌木，米德娜告诉他可以在这里召唤之前被收服的飞龙，飞龙带着林克飞进之前的那个洞穴，整个洞穴里一共有四支小虫子，林克用感知可以轻松发现到处乱飞的虫，让飞龙撞击虫子收集光之泪，来到佐拉河上游，林克看到这里的女主人正被虫子吓得发抖，消灭虫子后，林克在河对岸找到嚎叫之岩，记下金狼出现的位置后，林克继续收集光之泪。林克顺着河向佐拉原住地（Zora’sDomain）游去，在水域西边的斜坡上有一只，在湖东边靠近雪峰的冰峰道路旁，米德娜会帮助林克攀登上去，途中会有一只虫子，往回走在小梯子处转身向高处的岩石跳上，顺着小路林克来到佐拉王座，虫子就在左边的墙上，林克撞击墙壁惊动虫子，然后杀掉获得光之泪。林克回到佐拉河上游，东南角的水道有两个佐拉亡魂，他们会带林克进入水道，游出来到了海拉尔城的外边，进入城中，来到酒馆外面，打碎角落的箱子就能发现最后一只虫子。虫子消灭完了，但是光之泪还有一颗，会在哪里呢?此时米德娜会带林克来到最后一只虫子的地方--海利亚湖的正中间。这是一只巨大的母虫，看来她就是罪魁祸首，母虫全身带电的时候，没有办法攻击，林克只好先躲到水里等她冲下来，待其身上电消失后，林克跳到她身上一阵狂咬，没多久虫子就会倒在水里，林克跳到她身上发动群体攻击将其消灭，结束战斗后得到了最后的光之泪。最后一位光之精灵拉内鲁（Lanayru）也变回了原形，他告诉林克，这个世界本来就是黑暗与光明交替的世界，光明离不开黑暗，黑暗也离不开光明，一旦力量失去了平衡，这个世界就会陷入混乱。
林克暂时不能完全理解拉内鲁的话，不过林克知道此时他还有重任在身。变回人形的林克回到海拉尔城，城外可以遇到金狼，见到它后，不死勇士会再次出现教授林克新的绝技。之后林克一路来到特尔玛（Telma）的酒馆，终于可以和伊莉娅团聚了，但是她确显得不那么高兴，原来拉里斯的状况很糟糕，不及时救治可能会有生命危险，特尔玛记起卡卡里科村有位医术高明的人，一定就是牧师雷那多了，准备好马车，护送的责任自然落到了林克身上，途中的桥上再次遇到兽人首领阻挡林克一行的去路，下场当然不会很好过，这次他穿上了盔甲，用剑砍是没辙了，不过林克的骑射技术也不是盖的，林克又一次将他打败。之后道路还比较忙碌，林克一边要防止飞鸟放炸弹，还要防止马车被兽人射手的火箭烧着，最后林克安全将他们送到了卡卡里科村。此时佐拉女王应约出现，带着林克来佐拉王的墓穴，将佐拉之铠（ZoraArmor）交给了林克，从此林克就可以在水中自由的呼吸了。回到村中，来到巴恩斯的炸弹商店，他又研制出了新型的炸弹，这种炸弹可以在水里爆炸，林克买下后马不停蹄地来到海利亚湖，穿上佐拉之铠跳入湖中。林克游到水底，找到入口，但是被一个巨石堵住了，林克发现底下有一个裂缝，放个水炸弹将其炸开，水柱一下冲了出来，再放个水炸弹，借助水柱的冲力，炸弹会浮上去把巨石炸开，顺着洞一直往里游，林克来到了湖底神殿（LakebedTemple）。
湖底神殿
湖底寺庙
来到海利亚湖底部找到一堵有岩石的墙壁，在下面的水泡中放置一枚水炸弹，随后水泡会把炸弹浮上去并把岩石炸开，然后就可以进入迷宫了。顺着水道一直游到尽头上岸后向北前进，爬上梯子向前跳抓住天花板上的机关打开通向北边的门。
房间2
放出炸弹箭炸下天花板上的钟乳石使其落下，创造一条前进的路后朝北前进进入房间3。
房间3
房间中间有一个可以转动的楼梯，目前没办法控制，只能先从东边或西边的出口出去。一开始从梯子下去，在底部朝右边走，一直走到屋子的南边，然后跳过去抓住黄色的机关，可以转动台阶。再上到上层，到屋子上层的东边，同样抓住机关，这下可以通过底面西边的门来到房间4了。注意东北面的箱子里有地图。
房间4
用炸弹箭射下天花板上的钟乳石后，穿过隧道舷梯向右。通过岩石可以到达中央的石柱，可以看到附近还有一个钟乳石，往那边走，在箱子里能得到一把小钥匙，然后回到房间3，来到上层西边的门前，得到欧库，打开门进入房间5。
房间5
天花板上有钟乳石，打下来后可以借助其爬到墙上的藤蔓上。然后看到开关，跳过去抓住将它打开，接着向西北面移动。在西面林克能看到破损的墙壁，先不管它，通过门来到南面，在南面的门处的箱子内可以得到小钥匙。有了这个，回到刚才看到的破墙那，炸开就可以通向房间6。
房间6
当林克到达水闸控制室这里，顺着屋子中间的洞来到北边。一路向前到达顶部的房间内，爬上梯子打开机关，开始放水。当水流入屋子后，可以直接跳进水中，找到水中心台子上的另一个机关，拉动机关让水流到房间3内。通过南面的门在水车下可以发现一个小精灵。
房间4
房间内的第三层开始转动，跳上去通过北面的门到达房间7。
房间7
这里有个装有小钥匙的箱子，拿到后返回房间4，通过转动的平台到达西面的门，从这里进入房间7，向前打开门可到达房间8。
房间8
在尽头有个岩石阻挡了去路，换上负重靴，下到水中，在石头下安置水炸弹，即可通过并前往房间9。
房间9
这里天花板上有一个小BOSS：青蛙。注意在他跳起来后地上的影子，躲开影子然后攻击他的舌头使其张开嘴，这时再向嘴里射炸弹箭便能将其消灭，并且还能得到道具飞爪（Clawshot）。用飞爪攻击屋子南面门上的机关使门打开后，回到房间3。
房间3
用飞爪可以在房间中心的吊灯上发现心之碎片，同样用飞爪也能在箱子内得到20卢比。然后到上层的西面使用飞爪击中机关，使楼梯转动，形成一个水渠，让进入房间的流水流向东面的出口。
房间10
熟练运用飞爪不断爬高，到达上层的出口进入房间11（另外藤条也可以用飞爪抓）。
房间11
利用飞爪朝东面移动进入房间12
房间12
一直前进沿着旋梯上到顶部，途中的断处可以用飞爪通过，之后跳到机关上开始放水。这里有个箱子可以用飞爪上去后取得指南针。返回房间10。用飞爪击打东面的机关，下到下面的平台上，从东面的门到达房间13。
房间13
房间13有三条渠道，都通往南面。另外这里有2条路可以通往房间14，其中一条过去后发现拿不到钥匙，需要返回再朝左下游找到另一条路，接着可从上方跳到房间14并取得大钥匙，然后回到房间3水中台子上的通往最终房间的大门。
BOSS战：
水底兽——摩菲尔（TwilitAquatic——Morpheel）
穿上钢之靴降到水底后会遇到摩菲尔，第一阶段的时候会见到象海葵一样的它，远离周围的触手并保持在飞爪射程之内，然后将在其触手内不断移动的眼球抓出来进行攻击，中途摩菲尔会释放一些炸弹鱼进行干扰，如果抓到炸弹鱼的话要迅速离开其爆炸范围，几次攻击之后摩菲尔会露出本体。此后脱掉钢之靴游到摩菲尔的上方，找准时机用飞爪抓住其头顶处的眼睛后进行攻击，三次之后就可战胜摩菲尔。
