新的敌人分别为最弱但最常有机会遇上的「神兵」、需要特殊的手法才能击倒的「守护神」，以及在各个岛屿上的深处等待着玩家的「巨神」，只要索尼克靠近它们便会毫不留情地发动袭击。
特别是与守护神的战斗中，玩家得一边运用索尼克的技能一边自己找出攻略方法。而开放式区域可说是体现出动作方面真正价值的部分。由于不会显示任何提示或弱点，因此最佳的做法是从其身形、动作、状况等部分来找出攻略方法。
另外要是觉得自己「打不过」神兵或守护神，也能选择刻意不去靠近的做法。在索尼克因技能而变强，或是玩家掌握到战斗的诀窍后，再前去挑战也无妨。
在神兵之中也有着未习得特定技能便难以应付的强大存在。由于也会出现它们身上带有传送门钥匙跟翡翠钥匙的情况，还请玩家们别放过击倒它们的机会
大多数的守护神都比起神兵来的更巨大，也存在着从远方就能看见其身影的巨型守护神。
