和麦克森长老交谈后，带着他和两名兄弟会成员前行。前面会遭遇大量合成年人的阻击，墙上的终端机可以关闭炮塔，减少抵抗的火力。有些炮塔关不掉的，主角优先摧毁，由助手去压制合成年人。
来到这里，用墙上的终端机激活一只铁卫兵机器人，它和车间里的合成年人自相残杀。让助手们待命，等所有的合成年人挂掉，再去击杀弱血的铁卫兵。
由车间末端的舱门跳落到下一层，穿过维护通道，推门进至学院生命科学部门。
在大厅展开激烈的战斗，敌人还有机率释放合成大猩猩，速度迅猛，比较难缠。
来到外部庭院清理掉所有的合成年人，英格兰姆找到了反应炉的位置，可以由先进系统部门穿行到那边，只是这里所有的大门都是紧锁的，目前没有办法进去。
只有将保安系统切换成手动控制，才能打开这道大门。
此时庭院的中心激活一道电梯，乘着它前往指挥者的住所。这里有个问题，如果电梯降至底部没有及时出去的话，它会自动返回上方，最初抵达学院的房间并处于锁定状态。
因此在电梯到底部时，务必尽快离开电梯。
乘另一部电梯抵达居所，在卧室里见到须发苍白的尚恩，如今躺在床上奄奄待毙。
如果魅力够高，此时可说服他帮助主角，他说出一个密码，旁边的终端机可使一部分的合成年人停机。
访问终端机，里面有三个选项，选择“主保全封锁手动控制”完成任务目标，而“合成年人关机”选项可令沿途的合成年人停止运作，减少抵抗。至于“参与疏散协定BD-2”涉及到义勇兵路线的一个可选目标，钢铁兄弟会虽然抱着一种超然的使命感，但对于学院的人们却没有那么悲悯胸怀。
回去不能乘电梯了，而是由尚恩的房间出去，直接走旋转楼梯上行。穿过玻璃通道，可以看到一些呆若木鸡的合成年人，他们都被关机了。
沿着旋转楼梯下行，返回到庭院，和伙伴们一起清理合成年人，一起进入先进系统的大门。消灭出现的合成年人，进入反应炉车间。
往右边是一条维护通道，左侧墙上有三只炮塔，逐只摧毁再前进。
控制室里有台终端机，解开它的话可以启动辐射净化系统，减少辐射量。同时还可以关闭炮塔。
进入车间消灭科学家和合成年人，登上平台打开反应炉的大门，将核脉冲炸弹放置到里面。然后和麦克森长老交谈，诸人被英格兰姆传送出去。
回到英格兰姆这边的房间，一个自称是尚恩的小男孩称呼主角为妈妈（爸爸），他真是尚恩还是合成年人呢?此时可选择带走他或者拒绝。
用传送机来到远处的建筑天台，主角按下了引爆器的按钮。轰隆一声巨响，火光烛天，整座学院化为废墟，连同它的逆天科技。
