★第四十六话 龙と虎/龙与虎（超级系）
★第四十六话 第三の力（真实系）
为了取得新机体，主角和大作先行回北京支部。大作在那里得知梁山泊打算将大铁人封印起来，为此他非常困惑。此时，主角的新机体格伦拜斯特三式遭到BF团的破坏，而恋人与伊路姆再度出现，不过他俩这次乃是味方。以前之所以将SRX队视为目标，乃是因为伊路姆知晓了英格拉姆乃是异星人派来的间谍，而主角恋人曾被英格拉姆洗脑，所以会认不出主角来。本话的最初任务就是要保护恋人及伊路姆的安全，基本上伊路姆是没什么问题，但恋人会使用精神感应系统将敌人全部吸引到她（他）那里去。此时敌人再度派出龙王机与虎王机，恋人的机体更是被虎王机所击倒。如果是超级系的场合，主角与龙王机引起共鸣，然后与吸收了恋人的虎王机合体，成为超强的龙虎王机（可变形为虎龙王机，两名驾驶员精神力共用，其最大武器的威力在味方中排行第三）。而提升熟练度的条件是在合体前不能攻击龙、虎两机；若是真实系的场合，熟练度达到50，则取得柯修拜斯特Ⅲ，恋人则驾驶格伦拜斯特贰式。大作的努力亦让北京支部解除了封印大铁人的打算，让他继续留在隆德贝尔舰队。
★第四十七话 男の战い/男人的战斗（共通）
这一话又是EVA的剧情表演，根本就没有什么战斗，虽然英格拉姆和破岚万丈会依次登场，但这两个人主要是旁观而已。若是大家想要取得S2机关的话，就要在初号机未出击之前，不能攻击第14使徒。然后让使徒攻击初号机并导致暴走，将其吞食，取得S2机关。要注意的是初号机的维修费，是逃不掉的哦！
★第四十八话 谁がために钟は踊る/钟为谁鸣（共通）
镜头转到还停留在宇宙间的隆德贝尔舰队，为了保护典子三人与EXCELION汇合，布拉度派出队中所有小型战斗机来护航。这一关的敌人是大量的宇宙怪兽，而我方则是非常弱的小型战斗机。所幸出场的宇宙怪兽都不强，全是些HP2500以下的机体，如果是“女武神”之类比较强的战斗机，应该能够一枪一个。如果六回合内消灭敌人，则获提升熟练度。
★第四十九话 进路に光明、退路に绝望/前进是光明，后退是绝望（共通）
典子她们回到EXCELION后，《MACROSS PLUS》的勇、加鲁多前来报到，于是展开一场竞争。两人一边争吵着，一边将眼前的靶子全灭，最后差点起冲突时，大量的女天顶星人军适时地出现了。第四回合时，尤歌前来增援。此时要将EXCELION移动至地图的最上端即可过版，而勇他们的任务就是替EXCELION清除一条道来。其实这话的主要战斗力是第七回合登场的GUNBASTER，它皮糙肉厚又有诸多武器，是对付同样HP极高的天顶星人的极佳战力。过关后如有资金的话，就尽快提升GUNBASTER的EN，因为它的缺点就是武器耗费EN太厉害。
★第五十话 ヴァリアブル·フォ－メ－シヨン/合体（共通）
众人回到地球上的极东支部，多雷克和比修特再度大举进攻。如果先前曾让尼攻击比修特的母舰、发生与妮姆尔对话事件的话，本话中她便会偷偷出击，让尼上前说得即可仲间。第三回合时，英格拉姆出现在地图下方，并不断地向SRX小队、特别是隆圣挑衅，结果隆圣一怒之下要求合体，第二次终于成功合体并上前击退英格拉姆（HP低于2/3就会撤退，但将其击倒可获2点熟练度。日后若熟练度高，可以得到最强的武器“天上天下一击必杀炮”，该武器和白河愁的“黑洞炮”是攻克LAST BOSS的关键所在）。另外，多雷克的母舰威尔维布斯的HP在一半以下时就会撤退，，将其击倒可获熟练度。
战斗结束后，进入第三次三分支选择。成员分配与上一次基本相同，布拉度队（“リ－ンホ－スJr.队”，进入分支5A）保护夏亚至联邦议会发表演说；茜拉（“グラン·ガラン队”，进入分支5B）前往殖民卫星解救莉莉娜；艾蕾（“ゴラオン队”，进入分支5C）留在极东支部。
