★第五十六话 ジオンの幻象/基奥的幻象（共通）
众人终于再度汇合，这次的目标是基雷的卫星炮。我军会分成两支部队，古兰加兰负责攻打要塞阿巴奥库，MACROSS则去夺取卫星炮。因为必须要在四回合内让任何一部机体抵达卫星炮，所以要派一些移动力高的机体出击。另外，当我军占领了卫星炮后，会钻出来一只吸收光线武器的怪兽。这一关中是可以说得波蕾2的，只要让捷度上前说得一次后，卡缪他们就会提醒捷度必须将她的机体击坠。在第四回合时，地狱博士会率领大批的铁甲万能侠、盖塔的量产机出现在地球附近。第五回合时，基茜莉娅率军出现并提出停战，选择“停战协定を受け入れる”的话，立刻过版并提升熟练度；反之则施行敌全灭。
★第五十七话 天使の轮の上で/在天使之轮上（共通）
解决了新基奥军，众人火速赶往天使之轮，但还是慢了一步，殖民卫星SIDE3中的人们已遭受天使之轮的精神波攻击，全部沉睡、退化了。于是，白河愁提出让隆圣和主角的超能力来中和天使之轮的力量（选择“作战を引き受け”）。所以，这一关的最初三个回合便是要保护不能动弹的SRX、主角机、白河愁以及母舰不受敌人攻击，所以要让其它机体在前方摆开一道防线，因为敌人是会以主角机、SRX和母舰为首要攻击目标的。三回合过后，主角的超能力终于觉醒了，将天使之轮的精神波顶了回去。此时白河愁离开，我军开始反攻。过关条件是让胡素或者希罗抵达天使之轮的中央，不过为了宝贵的经验值和金钱，能打多少敌人就尽量杀多少，虽然把守天使之轮及后方的西洛克都是强敌。另外，西洛克一旦受到攻击就会撤退的，所以实力不够的话就不要去理睬他。 虽然阻止了天使之轮，但它却受到某种力量的牵引，直往地球坠去，而阿克西斯那边的动向又非常令人不安，于是又要兵分两路，一队由布拉度带领、元老高达系、SRX等前往阿克西斯（选择“アクシズへ向かう”，进入分支6A）；一队则由V GUNDAM、EVA、超级机器人组成，追击天使之轮（选择“エンジェル·ハイロウを追う”，进入分支6B）。
★第五十八话 神の国への诱惑/神之国的诱惑（分支6A）
镜头转到异星人阵营，帝国军参谋尤塞斯表示要尽快夺取CYBASTER和觉醒超能力的主角，于是夏比洛想出一个点子。这一话的敌人并不多，主要是交代剧情。战斗开始后不久，纱罗就会被夏比洛催眠。当我军将夏比洛所乘的机体击坠后，主角的恋人、彩、琉妮三人亦被催眠并与夏比洛一同离去。
★第五十八话 胜者と败者に祝福を/给胜者与败者祝福（分支6B）
胡素他们一路追击天使之轮至地球，收拾其残党。这一关中敌人不少，但我方也有增援的机会。另外，击坠米利安与拖列斯两人是可以获得熟练度的。
★第五十九话 クロス·タ－ゲット/十字标的（分支6A）
主角等人回到母舰上说明情况后，柯瓦特洛却认为大战之前不能再丧失兵力，而且又不知纱罗她们被带到哪里，所以不准正树他们前去营救。结果正树等人一气之下，擅自离开了MACROSS（此时主角可选择是否阻止正树，如果阻止的话就不能马上出击）。本话的过版条件是说得四位女角，分别让主角→主角恋人；正树→琉妮；忍→纱罗；隆圣→彩。其实要说得她们是很容易的，不过为了能赚取更多的经验值，可以留下一人不要说得，等敌人援军登场。敌方增援中有尤塞斯和蕾比两个大人物，特别是蕾比，让隆圣上前说得并攻击她就会引发对话，然后将其击倒便可俘虏她。
★第五十九话 せめて、人间らしく/起码象个人类（分支6B）
本话和下一关都是在展示剧情，战斗流程非常短暂，而且全部是与EVA相关的，所以最好将初号机改造一下。战斗前选择“今すぐ出击する”能提高熟练度。
★第六十话 战士、再び/战士再来（分支6A）
终于开始攻打阿克西斯了，捷度更是焦急地抢先冲出去，第三回合时我方大队人马才能赶到。面对高达系的敌人是非常讨厌的，因为其运动性好，命中回避率都很高，又有“剑挡格”，非常花时间。敌人中自然要属哈曼是最强劲的，她会待阿克西斯军的大半机体消灭后出现。击败哈曼后，巴尼带着捷度的妹妹莉娜前来加入队伍，不过这种时候象巴尼这样的角色根本就帮不上什么忙。
★第六十话 最后のシ者/最后的使者（分支6B）
基本上剧情与原作的“最后的使者”相同。Nerv新来的EVA驾驶员渚薰就是最后的使徒，他操作着贰号机与真嗣战斗并逐渐接近莉莉斯，最后让真嗣亲手了结他的生命，可获得熟练度的增加。
