★第一话 钢铁のコクピット/钢铁的驾驶舱（超级系）
日本东城学院，放学后主角与其恋人、甲儿走在一起，正在讨论考试等事情，此时突然传来警报声，阿修罗男爵带着机械兽来袭。甲儿匆忙去取自己的飞行机，主角和恋人正待躲避时，一架军用运输机被阿修罗男爵击落，正落在他们身边。在这场飞来横祸中，主角失去了恋人的身影，此时脑海中感应到坠落的运输机内有什么在呼唤着他，便上前查看。原来是一台蓝色的巨大机器人，于是主角便钻入驾驶舱内迎战敌人。（此时选择第二项，不要查看基本战斗方法，便可提升熟练度。另外，如果先前选择去找恋人的话，就不能在一开始出场了。） 作为第一关并不难（事实上本作的难度偏低），敌人的运动性很低，基本上无法命中主角的格伦加斯特贰式，再加上主角机拥有念动防护盾，运气好的话可以无伤过版。第三回合时，甲儿驾驶飞行机增援，阿修罗男爵会以他为攻击目标。此时主角应将几个喽罗收拾得差不多了，攒足了气力值便可用大技来收拾阿修罗男爵。
★第一话 バニシング·トル－バ－/消失的骑兵（真实系）
主角和恋人乃ETO伞下玛琳企业的驾驶员，此次奉命运送一编号为“RTX-010”的柯修拜斯特mk2前往月球。主角对此任务抱有怀疑，因为自己才接受训练没多久便被提升为候补驾驶员，再加上以前听说柯修拜斯特曾引起事故，之后该被人冠以“VANISHING TROOPER”（消失的骑兵）这一不祥的绰号。虽然一心期望平安无事，但运输船还是遭到了不明的袭击，混乱中主角乘上柯修拜斯特被弹出运输船，在他脱离的瞬间，运输船爆炸了，与其恋人就此失去了联络。 接着，主角发现前方有一队泰坦斯的MS，领头的雅桑下令夺取柯修拜斯特，于是战役就此展开（如超级系相同，选择不要确认操作说明即可提升熟练度）。敌人中只有雅桑比较难缠，其余的小喽罗不足为惧。再加上到了第二回合，黑肯的亚加玛、柯瓦特洛（夏亚）的利古迪亚斯、蕾歌娅的美塔斯等皆前来增援，应可轻松过关（基于原创故事的情节，大家想必会猜到有些人物将来是要离队的，比如蕾歌娅，所以培养角色时请注意。而本作中夏亚是不会逆袭的，大可放心培养）。
★第二话 マジンガ－Z绝体绝命/铁甲万能侠陷入危机（超级系）
失去了恋人的下落，又带着格伦加斯特贰式，主角不知该如何是好，便与甲儿一同返回光子力研究所。此时，普洛肯男爵瞅准甲儿不在的机会攻打研究所，于是弓清华的爱美神及波士的大铁牛出击迎敌。当然无法指望这两人能击退敌人，只要让他们守住研究所即可。到了第三回，主角和甲儿登场负责对付敌主力。期间，甲儿是可以回研究所与铁甲万能侠合体的。不过，若以飞机状态过关是可以增加熟练度的。所以大家不妨先合体，等只剩下一个敌人时再分离。
★第二话 黑いガンダム/黑色的高达（真实系）
主角被亚加玛所救后，暂时与反地球联邦组织艾干一同行动，他们接下来的任务就是前往泰坦斯的基地夺取其新型MS。此时在殖民卫星青色二号上，一段熟悉的剧情发生了：卡缪与花园丽一同前往港口，途中遇到捷利多，因为名字的关系双方争吵起来，结果卡缪被饱以一顿老拳。
出于对泰坦斯的怨恨，主角与柯瓦特洛一同去夺取敌方的GUNDAM-MK2。在第二回合内赶到一台无人驾驶的MK2前即可提升熟练度，夺下该机后，第三回合时卡缪坐上去并向加克宁哥发起攻击。然后只要让卡缪往后退一退，主角与柯瓦特洛快速插上即可。 结束战斗后，选择“ブリ－フィングルへ行く”，将关系到以后是否能取得G-3。
★第三话 ゲッタ－チ－ム出击せよ/盖塔队出击（超级系）
主角突然感应到远处有敌人存在，便与甲儿他们一同赶往早乙女研究所。战斗一开始，盖塔队三机以分离状态迎击敌人，正好每个人消灭一个方向的敌人。然后等敌人的三个援军出现后，再合体分别以不同形态击倒敌人就能提升熟练度：盖塔1号VS空中的敌人，盖塔2号VS地上的敌人，盖塔3号VS水中的敌人。将这些机械兽打倒后，再度出现敌机，此时主角们亦赶到，只要在不让敌人接近研究所的前提下逐步消灭即可。
★第三话 ホワイトペ－ス救出/救出白色基地（真实系）
应柯瓦特洛的要求，阿斯特纳治调查了主角的机体，发现其操作系统是类似脑波控制装置。接着，众人接到白色基地的求救信号，于是赶去救援。在出击前，主角感应到不祥的预感，此时如选择“出击せず样子を见る”，可提升熟练度，但主角要等第三回合敌增援出现后才能出击。此关中最棘手的敌人莫过于西洛克，不过他会在第6回合或HP降至80%以下时退却。
★第四话 ジオン再临/基奥再现（超级系）
众人来到联邦军的极东支部见过冈长官，从他口中得知主角的格伦拜斯特贰式乃ETO开发的新机体，但一直没有找到合适的驾驶员。如今基奥军再度抬头、地球圈形势恶化的情况下，冈长官便让主角成为格伦拜斯特的测试驾驶员，其关系属于光子力研究所。主角正在犹豫间，突然传来基奥军来袭的消息，于是众人出击迎战（如果先前选择了“もう少し考える”的话，主角不会马上出击）。此时如果熟练度为3以上的话，主角会遭到黑色三连星的挑战，在三回合内击倒任何一架黑色三连星，熟练度就会提升。接着出现一大堆机械兽，这种笨拙的敌人应该不是对手。
★第四话 死神と呼ばれたG/被称为死神的高达（真实系）
布拉度成为亚加玛的舰长后，探测到泰坦斯的信号，于是便赶去看个究竟，谁料正撞见法克斯与茜玛在秘密会晤。茜玛急忙离开，剩下来就要对付法克斯了。这关中有个人物要说得，那就是爱玛，只要让卡缪上前即可，还能因此提升熟练度。第三回合时，迪奥驾驶着死神高达登场，他会以泰坦斯为目标来与玩者抢经验值。而敌人的母舰HP降至70%以下时便会撤退。战斗结束后，迪奥出于监视艾干的目的，加入队伍。
★第五话 シ－クレット·ナンバ－ズ/秘密号码（超级系）
返回极东支部的途中，主角再度感应到敌人（比雷达还管用），于是赶过去一看，发现勇者雷丁的两名成员正遭到化石兽的围攻。这一关敌人挺多的，会不断地在北、东、东南出现增援。我方的增援会在第四回合于东北方的小岛出现，那就是隶属ETO“SRX计划”的R-1（伊达隆圣）、R-2（莱）、R-GUN（英格拉姆）。主角见到R-GUN，立刻产生一种奇怪的感觉，而英格拉姆似乎亦早就知晓主角的事情。（事先提醒一下，这位《SUPER HERO大作战》的主角是千万不能培养的！否则后果自负！）战斗结束后，还没怎么聊（虽然隆圣这个机器人迷看到铁甲万能侠与盖塔等非常激动，甚至还拿照相机要留影），英格拉姆就带着两个手下离开了。
★第五话 ジオンの亡灵/基奥的亡灵（真实系）
从爱玛处众人获知法克斯用毒气对付反抗泰坦斯的殖民卫星，于是决定追击至地球。但是当亚加玛准备降落地球时，却遭到基奥的马克白军攻击。如果熟练度在3以上的话，主角会遭受黑色三连星的时间差攻击。本关强制7回合结束，所以如果在7回合内干掉马克白的母舰，就能提升熟练度。
