★第十六话 咆哮、EVA初号机(共通)
虽然击倒了使徒,但它又马上再生中,再加上碇司令那强硬态度,布拉度决定先行撤退,将此事交由Nerv负责。接着的战斗纯粹是走过场的剧情展示,真嗣被迫乘上EVA初号机与使徒战斗,结果被打至暴走,然后轻而易举地收拾了对方。
★第十七话 GR对GR2(共通)
泰坦斯的法克斯威胁冈长官,要他立刻解散隆德贝尔舰队,被冈长官顶了回去。此时,BF团又在东京湾附近捣乱,大作急忙与大铁人出击,结果撞上了他的父亲所做的GR的拷贝GR2。一开始是大作的孤军奋战,第三回合时又会有敌增援在左下方出现。如果要提升熟练度的话,就不要先击败GR2,而是先收拾增援的格冈。我方增援则在第四回合登场。
★第十八话 红い稻妻、空飞ぶマジンガ-/红色闪电,飞翔的铁甲万能侠(超级系)
随着接连的战斗,甲儿意识到不能飞翔的铁甲万能侠在战斗中太吃亏了,于是和主角暂时离开队伍返回光子力研究所。铁甲万能侠的飞行翼即将制造完成时,阿修罗男爵突袭研究所,于是甲儿出击迎战,主角则因机体调整未能马上出击(如果选择拒绝调整机体的话,能立刻出击,但无法提升熟练度)。结果甲儿被机械兽引离研究所,并遭到飞行怪兽的围攻,危急关头波士以自爆来解围。愤怒的甲儿装载上飞行翼,与主角、以及第5回合来增援的R1、R2一同击退了阿修罗男爵。
战斗结束后,当甲儿哀悼波士时,却发现他安然无恙地活着。主角找到隆圣,向他询问有关英格拉姆的事情(选“イングラムのことを闻く”),获悉对方乃是SRX的教官,以前亦是优秀的驾驶员。
★第十八话 ゼ-タの鼓动/Z的鼓动(真实系)
这次拦在隆德贝尔舰队前面的乃是泰坦斯,战斗之前,花园丽要求加入战斗,但卡缪就坚持反对(在此选不让她出击的话,可提升熟练度)。进入战斗,最初只有母舰与Z高达、超级高达、杰冈,第5回合时味方增援才能出场。因此,如果卡缪的实力够高的话,不妨让他独自杀敌,反之还是乖乖等援军的到来吧!第3回合时,特洛瓦驾驶着重装高达出现在左上方,随后一回合内,隆圣与R1前来增援。
★第十九话 激突!ゲッタ-ロボVSゲッタ-ロボG/激突!盖塔VS盖塔G(超级系)
镜头转移到早乙女研究所,普洛肯男爵偷了盖塔G与龙马他们交手,为了拯救大家,武藏独自一人开着旧盖塔与其同归于尽。牟庆便代替武藏驾驶盖塔G,第二回合时,主角他们就能来增援。但是,当敌人全倒后,普洛肯男爵把BF团从中国大陆蚩尤墓内偷的龙王机、虎王机派出来,主角从中感应到两机体的痛苦思念波,于是上前说得两机体离开。战斗结束后,众人发现武藏并没有死,只是受了重伤。
★第十九话 第二次直上会战(真实系)
这次希罗转学居然转到了真嗣他们的学校,并遇上使徒来袭。如果选“ロンド=ベルに救援を要请しない”,虽然不会马上获得增援,但能提升熟练度,而且希罗也会驾驶WING来帮忙。战斗一开始,首要做的事情就是让EVA初号机接上电源。其实这版中的敌人除了使徒外,其它人是很难打穿初号机的A.T.FIELD的,所以大可放心作战。第4回合开始,味方的铁甲万能侠、盖塔、R-GUN会陆续前来增援。
★第二十话 决战、第2新东京市(共通)
众人再度汇聚新东京市,并上街购物,还遇到了因受不了压力出走的真嗣。平静的时间没过多久,第5使徒来袭,并以远距离攻击打倒了EVA。美里想出了八之岛作战,英格拉姆帮助众人实行这一计划,不过先要在5回合内确保初号机的安全,但偏偏机械兽又在此时来袭。所以,隆德贝尔舰队要抢在5回合内将使徒以外的敌人消灭,方能提升熟练度。
战斗结束后,R-GUN正式加入(不要培养英格拉姆啊!),并出现第一次三分支,隆德贝尔舰队分为三小队,一队由SRX、阿姆罗等人组成去迎接EVA贰号机(“EVA贰号机输送舰队と合流する”分支2A);一队由兽战机队、EVA为主力留在极东支部(“极东地区に残る”分支2B);一队由高达为主力前往宇宙(“リガ·シリティア接触し、宇宙へ行く”分支2C)。